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标题: 蛋白和配体的gmx_MMPBSA跑出来的结合能-220kj/mol是不是异常结果？ [打印本页]

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Author: rinz 时间: 7 day ago
标题: 蛋白和配体的gmx_MMPBSA跑出来的结合能-220kj/mol是不是异常结果？
本帖最后由 rinz 于 2025-8-6 00:52 编辑

结合能绝对值正常范围是多少，我这种-220KJ的是不是异常数据

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Author: dodobird1 时间: 7 day ago
本帖最后由 dodobird1 于 2025-8-5 17:32 编辑

楼主麻烦改一下标题，具体描述问题
详见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
就写一个gmx_MMPBSA没人知道你想问什么、能不能提供有用的信息，还要劳烦管理员去修改，以后不要再犯

作者
Author: rinz 时间: 7 day ago

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:31
楼主麻烦改一下标题，具体描述问题
详见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
就写一个gmx_MMPBS ...

好的，改了第一次发帖

作者
Author: dodobird1 时间: 7 day ago

rinz 发表于 2025-8-5 17:37
好的，改了第一次发帖

没事，下不为例

作者
Author: dodobird1 时间: 7 day ago
本帖最后由 dodobird1 于 2025-8-5 23:14 编辑

关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点，一个几十原子的小分子和一个几千原子的小蛋白质这个结合能就会有点夸张（我也不是很确定），但是大很多的体系就不一定了

---
edit：致歉，理论上结合位点和体系大小无关，根据体系大小和我自己的那点经验来判断显然是不合适的
我想问的可能更多是楼主能看到什么样的相互作用、有几处、多强

作者
Author: rinz 时间: 7 day ago
本帖最后由 rinz 于 2025-8-5 18:02 编辑

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:44
关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点， ...

蛋白和配体的体系，蛋白是一万个原子，配体是六十个原子。这种体系出来的结合能-220KJ正常吗

作者
Author: student0618 时间: 7 day ago
MMPBSA is very sensitive to charge, is it a charged system?

It is also a good idea to inspect the trajectory and check if the binding is reasonable.

Also you better use at least 100 frames for the calculation.

作者
Author: rinz 时间: 7 day ago

student0618 发表于 2025-8-5 21:50
MMPBSA is very sensitive to charge, is it a charged system?

It is also a good idea to inspect the ...

My ligand has a positive charge

作者
Author: dodobird1 时间: 7 day ago
本帖最后由 dodobird1 于 2025-8-5 22:41 编辑

rinz 发表于 2025-8-5 18:00
蛋白和配体的体系，蛋白是一万个原子，配体是六十个原子。这种体系出来的结合能-220KJ正常吗

一般来讲不正常
步长是多少？力场呢？

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Author: sobereva 时间: 7 day ago
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系特征观察清楚，从而评判这个数量级是否合理。光给出个数值，缺乏对体系结构和相互作用特征的具体描述，没人能确切告诉你是否合理。怕描述不清楚就直接把结构文件作为附件上传。
这就跟问诸如pi-pi堆积有多强一个道理，苯-苯之间的pi-pi作用和两层大片石墨烯之间的pi-pi作用根本不是一个数量级的（参考：《谈谈pi-pi相互作用》http://sobereva.com/737），像是pi-pi作用达到100kJ/mol既可能是算错了也可能本来就是那么强。

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Author: wbqdssl 时间: 7 day ago
本帖最后由 wbqdssl 于 2025-8-5 22:53 编辑

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:44
关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点， ...

想请问一下为什么你说跟体系大小有关系，你的意思是在MM-PBSA计算中体系大小会影响计算结果的数量级吗。对于同一个蛋白靶点，有两个IC50或Ki相差1000倍以上（甚至10000倍）的配体（配体原子数可能只差十几个），理论上说结合自由能会差很多。而这种情况下体系大小差别并不大，怎么解释呢？
此外，在我实际计算时，体系是不带电配体（60原子左右）和蛋白结合（九千多原子），算出来过很大的结合能（此图中是amber14sb，也有一些用CHARMM36M也能到-80甚至-90kcal/mol），如下图。但是我的配体和蛋白形成了接近五个强氢键，两到三个pi-pi stacking和其他一些疏水作用，这种的你认为正常吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 0)

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

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Author: dodobird1 时间: 7 day ago

wbqdssl 发表于 2025-8-5 22:43
想请问一下为什么你说跟体系大小有关系，你的意思是在MM-PBSA计算中体系大小会影响计算结果的数量级吗。 ...

致歉，我当时说的不是很准确，严格来说就是看有哪些相互作用的位点，虽然大体系理论上结合位点会偏多一点，但是如果你的小体系可以找到多个强相互作用能、自己拿可视化软件证实了这一点的话也是没有问题的。这个真的只能具体情况具体看

作者
Author: rinz 时间: 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:33
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系 ...

好的，谢谢老师。

作者
Author: rinz 时间: 6 day ago
本帖最后由 rinz 于 2025-8-8 21:01 编辑

这是我配体和蛋白的结构，还有MMPBSA最后10ns的数据

作者
Author: rinz 时间: 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:33
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系 ...

老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

作者
Author: student0618 时间: 6 day ago

rinz 发表于 2025-8-6 20:18
老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

是没加氢还是hide了？

作者
Author: wbqdssl 时间: 6 day ago

rinz 发表于 2025-8-6 20:18
老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

建议直接把加氢的mol2或pdb文件放上来

作者
Author: rinz 时间: 4 day ago

student0618 发表于 2025-8-6 20:22
是没加氢还是hide了？

加氢又跑了一遍结合能还是很大

作者
Author: rinz 时间: 4 day ago

wbqdssl 发表于 2025-8-6 20:29
建议直接把加氢的mol2或pdb文件放上来

PDB文件上传不了，我把配体mol2文件上传了

作者
Author: student0618 时间: 3 day ago
小分子如何处理的？用什么力场？

作者
Author: sobereva 时间: 3 day ago

rinz 发表于 2025-8-8 21:03
PDB文件上传不了，我把配体mol2文件上传了

过大的文本文件压缩后再上传或者传网盘，置顶的社员必读贴里明确说了

作者
Author: rinz 时间: 前天 14:49

student0618 发表于 2025-8-9 01:52
小分子如何处理的？用什么力场？

小分子是用sobtop处理的力场选的AMBER

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Author: jackshoulder 时间: yesterday 12:57
本帖最后由 jackshoulder 于 2025-8-11 13:01 编辑

-220kj/mol约等于−52.6 kcal/mol，从你提供的药物与蛋白结合的构象来看，结合的挺紧密的，能达到−52.6 kcal/mol的结合自由能，在小分子药物与蛋白中属于很强的结合了。这并不能说明是错误的结果，只能说你当前动力学轨迹下，此结合自由能是这样（前提是你计算结合自由能时，方法，电荷，熵计算等都是合理的，另外上述有友友提到，至少计算100帧进行统计，其实在计算配置够的情况下，尽可能的计算更多帧进行统计。另外不要只看总的结合自由能值，我记得gmx_MMPBSA这个程序计算结束后，会有gmx_MMPBSA_ana这个程序进行分析，各个残基的贡献，以及总结合自由能在各个能量分项上的贡献，都去看一下，检查是否合理）

另外，我做出来的很多体系里边，蛋白与药物结合自由能也有达到-40kcal/mol的情况，这种一般都是带电体系，或者小分子药物比较大，且在当前的轨迹中，小分子药物与蛋白上多个氨基酸均形成相互作用（氢键，π-π，范德华），这种情况下结合自由能就会很高的。在你的体系中，药物被蛋白包裹的很好，多个氨基酸均与小分子相互作用了，不排除计算出来的结合自由能较高的情况。建议你在MMPBSA方法下做个残基能量分解。

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