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标题: PACKMOL读取pdb文件时报错“无法读取原子”，如何解决 [打印本页]

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Author: Yiolet 时间: 6 day ago
标题: PACKMOL读取pdb文件时报错“无法读取原子”，如何解决
各位老师大家好，我在使用packmol构建Ag2MoO4与Bi2WO6的混合体系时，packmol报错，pdb文件的残基号读取不为整数，于是参考Python：PDB文件中原子和残基重新编号-阿里云开发者社区后重新得到pdb文件，再次使用packmol时，又报错无法读取原子信息，想请教各位老师，如何解决该问题。
报错内容与packmol输入文件如下，pdb文件见附件：
报错：
  Reading input file... (Control-C aborts)
  ERROR: Could not read any atom from file: Ag2.pdb
  ERROR: Could not read any atom from file: Bi2.pdb
  Seed for random number generator:    1234567
  Output file: mixture.pdb
  Reading coordinate file: Ag2.pdb
At line 215 of file getinp.f90 (unit = 10, file = 'Ag2.pdb')
Fortran runtime error: End of file

packmol输入文件：
tolerance 2.0
filetype pdb
output mixture.pdb

structure Ag2.pdb
  number 1
  inside cube 0. 0. 0. 20.
end structure

structure Bi2.pdb
  number 1
  inside cube 0. 0. 0. 20.
end structure

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(, 下载次数 Times of downloads: 1)

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 6 day ago
这俩.pdb文件格式不规矩，Multiwfn、VMD、VESTA均无法识别。不过比起修复格式，更值得问的是“构建Ag2MoO4与Bi2WO6的混合体系”为什么要用packmol软件：鉴于二者都是固相晶体，所谓混合是指单个界面的异质结，多个晶界分隔的多晶粒/晶畴结构，原子相互替代（同一位点分数占据）形成的带晶体学无序的共晶，还是别的什么状态？

作者
Author: Yiolet 时间: 6 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-6 15:08
这俩.pdb文件格式不规矩，Multiwfn、VMD、VESTA均无法识别。不过比起修复格式，更值得问的是“构建Ag2MoO4 ...

我是想构建单个界面的异质结，但是目前没有找到方法，还请老师指点

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 6 day ago

Yiolet 发表于 2025-8-6 18:25
我是想构建单个界面的异质结，但是目前没有找到方法，还请老师指点

善用论坛搜索功能看过往讨论，易知构建晶体异质结模型和packmol那种随机填充分子完全无关。不过我听说过的相关软件就两个，一是昂贵的商业软件M$，二是免费的VASPKIT（教程），在论坛有讨论但经验可能相对有限。其他如晶格失配度要求、晶面指标选择、晶格矢量旋转等细节还有一大堆。

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Author: Yiolet 时间: 5 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-6 18:46
善用论坛搜索功能看过往讨论，易知构建晶体异质结模型和packmol那种随机填充分子完全无关。不过我听说过 ...

谢谢老师解惑，我之前用的是MS，但是由于没有版权，所以这次想试一下packmol，我去尝试一下vaspkit

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