计算化学公社

标题: 求助一个构象较多的有机萃取剂，在萃取前后是否均要进行构象搜索 [打印本页]

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Author: 随我旅行可好 时间: 2025-8-6 17:23
标题: 求助一个构象较多的有机萃取剂，在萃取前后是否均要进行构象搜索
各位老师好，我想比较两种萃取剂分子萃取过程中结合能的大小，来解释萃取剂的萃取能力强弱。我的萃取剂柔性较大，含有三个丁基或者戊基，我在进行计算时，对萃取剂分子进行了构象搜索，那么在萃取后，萃取剂分子与我萃取的金属离子结合后，是否仍需对萃合物进行构象搜索，从而找到能量最低结构，还是直接在之前的构象上加上金属离子，然后用高斯进行结构优化

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-7 02:17
当前问题没体现出和xtb有任何必然联系，别选xtb分类。这次给你改了，以后注意

需要对结合离子后也做构象搜索，因为离子可能严重影响构象

另外注意，这种体系算热力学量的时候光拿能量最低构象计算往往不够，因为能量最低的一批构象的能量可能挨得很近，算热力学量的时候需要考虑权重平均（对于熵还额外有构象熵），用Shermo可以得到权重平均后的热力学量，下文说了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

还应注意对于很多情况，特别是较大柔性分子，靠量子化学算热力学量来研究萃取有很大的局限性，结合分子动力学模拟、对轨迹做统计分析才能更充分全面地考察

作者
Author: 随我旅行可好 时间: 2025-8-20 12:07

sobereva 发表于 2025-8-7 02:17
当前问题没体现出和xtb有任何必然联系，别选xtb分类。这次给你改了，以后注意

需要对结合离子后也做构象 ...

谢谢老师，听了您的建议我想使用gromacs进行萃取的分子动力学模拟，我的萃取主要是磷酸酯对Li+的萃取，我看有文献对Li+使用OPLS力场，但OPLS力场里没有P元素，然后我想对磷酸酯用GAFF力场，但是我看帖子说它俩不能混用，但是GAFF力场里又没有Li+，是不是用UFF就行了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-21 03:10

随我旅行可好发表于 2025-8-20 12:07
谢谢老师，听了您的建议我想使用gromacs进行萃取的分子动力学模拟，我的萃取主要是磷酸酯对Li+的萃取，我 ...

一律用GAFF
跟GAFF兼容的AMBER力场的目录下的ions.itp里直接就有Li+的拓扑信息。还可以用KBFF、Merz的离子力场，也都和GAFF兼容

作者
Author: 随我旅行可好 时间: 2025-8-21 09:21

sobereva 发表于 2025-8-21 03:10
一律用GAFF
跟GAFF兼容的AMBER力场的目录下的ions.itp里直接就有Li+的拓扑信息。还可以用KBFF、Merz的离 ...

谢谢社长

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-8-21 11:30
就这个体系而言（长链磷酸酯萃取锂离子），不用太在乎构象问题，都用链伸展的构象就行了。因为锂离子和磷酸酯的结合能，远大于构象变化对结合能的影响；甚至溶剂模型引入的误差都大于构象变化的影响。不过要注意，萃取剂在结合锂离子之前，不是什么也没结合，它结合了水（如果是从水里萃取的话），不同萃取剂和水的结合能的差异是不可忽略的，考虑这个因素后，这个模型的精度应该足以定性解释实验了。

作者
Author: 随我旅行可好 时间: 2025-9-2 09:12

sobereva 发表于 2025-8-21 03:10
一律用GAFF
跟GAFF兼容的AMBER力场的目录下的ions.itp里直接就有Li+的拓扑信息。还可以用KBFF、Merz的离 ...

老师我还有一个问题，我的有机体系用的GAFF力场，电荷用的resp2（0.5）电荷，水模型用的SPC/E，那我水的电荷也用resp2（0.5）吗, 还是说用水模型建立时使用的那种电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 09:22

随我旅行可好发表于 2025-9-2 09:12
老师我还有一个问题，我的有机体系用的GAFF力场，电荷用的resp2（0.5）电荷，水模型用的SPC/E，那我水的 ...

水用标准的水模型如SPC/E，原子电荷是水模型定义的

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Author: 随我旅行可好 时间: 2025-9-2 09:25

sobereva 发表于 2025-9-2 09:22
水用标准的水模型如SPC/E，原子电荷是水模型定义的

谢谢老师

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