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标题: 求助一个构象较多的有机萃取剂,在萃取前后是否均要进行构象搜索 [打印本页]

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随我旅行可好    时间: 6 day ago
标题: 求助一个构象较多的有机萃取剂,在萃取前后是否均要进行构象搜索
各位老师好,我想比较两种萃取剂分子萃取过程中结合能的大小,来解释萃取剂的萃取能力强弱。我的萃取剂柔性较大,含有三个丁基或者戊基,我在进行计算时,对萃取剂分子进行了构象搜索,那么在萃取后,萃取剂分子与我萃取的金属离子结合后,是否仍需对萃合物进行构象搜索,从而找到能量最低结构,还是直接在之前的构象上加上金属离子,然后用高斯进行结构优化

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sobereva    时间: 5 day ago
当前问题没体现出和xtb有任何必然联系,别选xtb分类。这次给你改了,以后注意

需要对结合离子后也做构象搜索,因为离子可能严重影响构象

另外注意,这种体系算热力学量的时候光拿能量最低构象计算往往不够,因为能量最低的一批构象的能量可能挨得很近,算热力学量的时候需要考虑权重平均(对于熵还额外有构象熵),用Shermo可以得到权重平均后的热力学量,下文说了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

还应注意对于很多情况,特别是较大柔性分子,靠量子化学算热力学量来研究萃取有很大的局限性,结合分子动力学模拟、对轨迹做统计分析才能更充分全面地考察





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