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标题: MS数据导出和计算分子轨道的问题 [打印本页]

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2017-4-5 19:12
标题: MS数据导出和计算分子轨道的问题
各位老师好，我刚接触计算不是太久，有几个问题想请教一下
1. MS计算得到的结果有办法导出到VMD之类的软件里吗？我在MS里算了电荷密度差，但是MS做出来的图感觉不是很漂亮，想导入VMD里去作图。但是直接export出来之后得到的只是原子坐标，电荷密度差数据没法同时导出。
2. 在计算周期性结构时，想计算分子轨道。用的是Dmol3模块，但是发现只有K点为Gamma点的体系才可以计算。想问下这是怎么回事？周期性体系计算分子轨道都有这个限制吗？如果都有这个限制的话，计算出来的模型精度应该很低吧，这样的结果如果拿去发文章别人会不会质疑精度问题？
3. 石墨烯能不能用团簇模型来计算？ Gaussian计算周期性体系的能力实在是... 记得sob老师说过大多周期性问题都能转化为非周期性问题解决但是我看到的石墨烯相关计算都是第一性原理，没怎么见过用团簇模型计算石墨烯和其他分子的相互作用的。是这种方法不适合这个体系吗？还是我没看到正确的文献...

非常感谢各位！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-4-5 20:32
1、输出格点密度的话，导出原子坐标是没有用的，dmol3的格点是grd，castep则是记录在check文件中，我不清楚vmd是否能够读取grd，有其他程序也许可以转换grd为cube文件，之后再做分析。
2、dmol3至今不能输出高于gamma点的波函数，没办法，但可以建立超胞取gamma分析，这样就没有精度的问题了。
3、石墨烯貌似单独截出来边缘加氢或不加氢和周期情况都会有些定性不同，除了这些，如金属这些电子离域特别严重的系统该用周期性还是得用周期性，其他系统问题可能没那么严重。实际上，这就是尺寸效应的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-6 04:23

卡开发发发表于 2017-4-5 20:32
1、输出格点密度的话，导出原子坐标是没有用的，dmol3的格点是grd，castep则是记录在check文件中，我不清楚 ...

Multiwfn可以读取.grd，然后用主功能13里的选项0它把导出成.cub，不过只支持正交格子

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-6 04:32
这篇最近出来的文章对比了碳纳米管无限长度和有限尺寸模型算的结果，结论用到石墨烯上应当也是恰当的
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.24760/full
有限尺寸碳纳米管作为模型研究碳纳米管对小分子的吸附以前也看过，文章一时找不到了。

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2017-4-6 14:04

卡开发发发表于 2017-4-5 20:32
1、输出格点密度的话，导出原子坐标是没有用的，dmol3的格点是grd，castep则是记录在check文件中，我不清楚 ...

非常感谢！

关于第二点还想追问一下。只能算Gamma点的波函数是Dmol3自身的原因是吧？那换成其他第一性原理的计算模块比如castep或者vasp就能解决这个问题？
另外关于超胞取gamma分析。我之前的建模方法是建立一个石墨烯超胞，然后在上面放了一个分子链，对这一个整体进行优化和轨道计算。按照你的建议，我是不是应该对我上面这个模型再建一次超胞并优化，然后取gamma分析？

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2017-4-6 14:09

sobereva 发表于 2017-4-6 04:32
这篇最近出来的文章对比了碳纳米管无限长度和有限尺寸模型算的结果，结论用到石墨烯上应当也是恰当的
http ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-4-6 14:42

光芒灬如雪发表于 2017-4-6 14:04
非常感谢！

关于第二点还想追问一下。只能算Gamma点的波函数是Dmol3自身的原因是吧？那换成其他第一性 ...

只能算Gamma点的波函数是Dmol3自身的原因是吧？

是

那换成其他第一性原理的计算模块比如castep或者vasp就能解决这个问题？

能，castep有个check2xsf，我个人实测下来不好用，vasp则有vaspmo，在小木虫上，但可靠性我不能完全保证，我没有亲自考证过这个问题，但我想之前有个vaspnbo是类似的做法，也许行得通吧。Multiwfn需要矩形的格子，但对石墨烯的晶格正交化还是比较简单的。

我之前的建模方法是建立一个石墨烯超胞，然后在上面放了一个分子链，对这一个整体进行优化和轨道计算。按照你的建议，我是不是应该对我上面这个模型再建一次超胞并优化，然后取gamma分析？

严格些的做法是计算单独的clean的石墨烯表面，不断扩大超胞，直至per atom的能量收敛，达到收敛标准的时候对应的超胞大小就是用于分析的超胞。当然，相应需要承受的问题就是能带折叠的问题。

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2017-4-6 16:44

卡开发发发表于 2017-4-6 14:42
是

能，castep有个check2xsf，我个人实测下来不好用，vasp则有vaspmo，在小木虫上，但可靠性我不能 ...

大概明白了，非常感谢！

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2017-4-6 21:29

卡开发发发表于 2017-4-6 14:42
是

能，castep有个check2xsf，我个人实测下来不好用，vasp则有vaspmo，在小木虫上，但可靠性我不能 ...

话说，今天在论坛逛的时候看到有前辈说orbital是castep的短板，基本上都不会用到。你这边也提到castep在这方面似乎并不好用，Dmol又受到gamma点的限制，那这样的话目前比较通用的能够计算分子轨道的第一性原理软件有哪些呢？

另外还有个问题希望前辈能给点建议。我目前做了一点模拟，结构是周期性结构。用dmol3模块进行的结构优化；性质方面用castep计算了电荷密度差、用dmol3计算了分子轨道(Gamma点)..。用于发文章的话总觉得很混乱。
前辈有没有什么建议能够把这些东西给整合一下？之前想用castep来做优化并且算电荷密度差和分子轨道，然而今天看到前辈们说orbital是castep的短板，就有些担心数据不被认可了。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-4-6 21:56

光芒灬如雪发表于 2017-4-6 21:29
话说，今天在论坛逛的时候看到有前辈说orbital是castep的短板，基本上都不会用到。你这边也提到castep在 ...

我不认为castep本身的东西不好用，而是说不尽如人意，当然也有可能是我操作问题，有人确实也用的好好的http://muchong.com/bbs/viewthrea ... =1&target=blank，你不妨也可以试试再给个反馈。但计算速度慢、功能老旧确实是硬伤。

DMol3的周期性确实不足够强，你要是注意优化过程的话，可以发觉变胞优化连stress都不计算，我不是很推荐用DMol3优化晶格，当然周期体系波函数到现在也没支持，至于电荷密度差可以写程序来对三个系统的grd文件进行做差。

VASP的第三方开发比较多吧，认可度也比较高，如果有版权话可以考虑。剩下还有哪些程序功能全面些我就很难说了。可以看看大家还有什么好的建议。

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