计算化学公社

标题: 万物fakeG薅gview羊毛 [打印本页]

作者
Author: wal 时间: 2025-8-7 16:26
标题: 万物fakeG薅gview羊毛
本帖最后由 wal 于 2025-9-14 14:08 编辑

-- 25.9.14 --
坛友@Tanghaoru提供了适配ORCA IRC输出的xfakeg改动，主贴build.7z已更新

-- 25.8.22 --
最新版AfakeG已支持转换带激发态信息的Amesp输出文件
压缩包已更新，也可以去github上找release 1.2以后的版本下载
-- 25.8.19 --
修复了一个xtbfakeg的bug
-- 25.8.13 --楼下有人提到需要xtb的版本，在TS看虚频的时候试用
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
用这个处理xtb生成的g98.out即可

-- origin --
最近连续学了几个新程序，每个程序都怀念gview的可视化，深感有时候不想切程序的原因也是真离不开gview。但是每个程序各有各的特点，没法认准一家，每次都从头搓一遍fakeG又很麻烦，干脆搭个框架，以后只写解析器。
GitHub：fakeG
如果大家有其他常用程序，比如pyscf,molpro啥的，可以利用/src/parser/parser_interface.h这里留的接口，写个解析器解析所需要的能量、坐标、梯度位移、振动分析数据，格式化输出就不用管了。

当前可用：
AfakeG：Atomic and molecular electronic structure program(Amesp) fake Gaussian转换器。
BfakeG：Beijing Density Functional(BDF) fake Gaussian转换器。
XfakeG：单帧/多帧xyz文件fake Gaussian转换器。此程序发现输入的多帧xyz文件是xtb/molclus/isostat的输出时会一并提取能量。
(, 下载次数 Times of downloads: 33)
交叉编译出Windows程序也是可行的，都放在release里了。

ORCA由于已经有社长的OfakeG，就不重复造轮子了。

-- 25.8.22 --
最新版AfakeG已支持转换带激发态信息的Amesp输出文件

作者
Author: quanta 时间: 2025-8-7 16:36
感谢分享，正好想学一下c++了。

作者
Author: mizu-bai 时间: 2025-8-7 17:33
其实去年我就写了 AfakeG 了，https://github.com/mizu-bai/AfakeG，不过您要是有心情把 Amesp 的 IRC 和 TD-DFT 输出也转换了，那也算圆了大师一个心愿了。

作者
Author: wal 时间: 2025-8-7 17:59
本帖最后由 wal 于 2025-8-7 18:07 编辑

mizu-bai 发表于 2025-8-7 17:33
其实去年我就写了 AfakeG 了，https://github.com/mizu-bai/AfakeG，不过您要是有心情把 Amesp 的 IRC 和 T ...

转TDDFT输出我正有此意，我的监视脚本挺依赖Gaussian的TDDFT格式输出的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-8-7 19:09
可以再搞一套把Gaussian输入文件翻译成ORCA/BDF/...输入文件的程序。我们BDF团队这边有老师对开发这个感兴趣，但是缺人手，你或者其他网友感兴趣的话我可以牵个线

作者
Author: wal 时间: 2025-8-7 19:13

wzkchem5 发表于 2025-8-7 19:09
可以再搞一套把Gaussian输入文件翻译成ORCA/BDF/...输入文件的程序。我们BDF团队这边有老师对开发这个感兴 ...

我是比较喜欢Gaussian那种紧凑的关键词输入的，写自动计算管理小程序的时候只要一行关键词就能告诉程序我要算什么，所以之前我还真考虑过这个。不过试着构思了一下感觉有点点难，主要是我对ORCA的输入不算特别熟，目前基本是翻一次手册写个模板输入，然后不出问题就再也不改了XD

作者
Author: mizu-bai 时间: 2025-8-7 20:34

wal 发表于 2025-8-7 17:59
转TDDFT输出我正有此意，我的监视脚本挺依赖Gaussian的TDDFT格式输出的

善哉，善哉！

作者
Author: neocc 时间: 2025-8-8 01:05
有办法转振动文件吗？xtb的，搜索TS和IRC需要。之前git上有个xtboptts的代码

https://github.com/npe1011/xtboptts

复制代码

，用jmol看振动，效果不行

作者
Author: wal 时间: 2025-8-8 12:44

neocc 发表于 2025-8-8 01:05
有办法转振动文件吗？xtb的，搜索TS和IRC需要。之前git上有个xtboptts的代码，用jmol看振动，效果不行

应该可以转，我看看能不能直接把g98.out搞一下

作者
Author: 天路一方 时间: 2025-8-11 11:46
感谢分享

作者
Author: wal 时间: 2025-8-13 13:22

neocc 发表于 2025-8-8 01:05
有办法转振动文件吗？xtb的，搜索TS和IRC需要。之前git上有个xtboptts的代码，用jmol看振动，效果不行

已更新，xtbfakeg可用，见主楼或GitHub

作者
Author: 一星一月 时间: 2025-8-16 16:06

wal 发表于 2025-8-13 13:22
已更新，xtbfakeg可用，见主楼或GitHub

振动模式超过3个似乎就会报错

作者
Author: wal 时间: 2025-8-16 16:29

一星一月发表于 2025-8-16 16:06
振动模式超过3个似乎就会报错

啊?我去，我找时间修一下

作者
Author: wal 时间: 2025-8-19 20:38

一星一月发表于 2025-8-16 16:06
振动模式超过3个似乎就会报错

已修复测试例简单还真弄出问题来

作者
Author: 一星一月 时间: 2025-8-19 21:32

wal 发表于 2025-8-19 20:38
已修复测试例简单还真弄出问题来

感谢，已可用

作者
Author: Accelerator 时间: 2025-8-19 22:51
呼唤一个CP2KfakeG，不知道有没有人正在做或已经做了。如果没人做我可能会找个时间做，但不知道什么时候有空了。

作者
Author: wal 时间: 2025-8-19 22:56

Accelerator 发表于 2025-8-19 22:51
呼唤一个CP2KfakeG，不知道有没有人正在做或已经做了。如果没人做我可能会找个时间做，但不知道什么时候有 ...

这个软件我暂时还用不上，因为我们方向平常不会做材料hh，等我把毕业的事情忙完可能会学一下，想学很久了，到时候可能会写

作者
Author: wal 时间: 2025-8-22 21:13
最新版AfakeG已支持转换带激发态信息的Amesp输出文件，示例

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2025-9-14 01:04
感谢分享！xfakeg解决了gview无法直接查看ORCA的IRC任务输出的xyz文件的问题。
请问可否给xfakeg添加一项可读取ORCA的IRC任务输出的xyz文件中的能量的功能？
这样就能实现ORCA完成IRC任务后，使用xfakeg转化ORCA输出的xyz文件为log文件，再用gview就能直接查看运动轨迹和每一帧的能量。

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2025-9-14 03:44

Tanghaoru 发表于 2025-9-14 01:04
感谢分享！xfakeg解决了gview无法直接查看ORCA的IRC任务输出的xyz文件的问题。
请问可否给xfakeg添加一项 ...

通过楼主贴出的源代码，已解决xfakeg提取ORCA的IRC任务的xyz文件中的能量的问题

作者
Author: wal 时间: 2025-9-14 08:20
本帖最后由 wal 于 2025-9-14 08:37 编辑

Tanghaoru 发表于 2025-9-14 03:44
通过楼主贴出的源代码，已解决xfakeg提取ORCA的IRC任务的xyz文件中的能量的问题

如果你愿意分享出来，我可以整合进项目里
或者你可以考虑去主楼贴出的GitHub链接发起一个pull request

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2025-9-14 13:20

wal 发表于 2025-9-14 08:20
如果你愿意分享出来，我可以整合进项目里
或者你可以考虑去主楼贴出的GitHub链接发起一个pull request

楼主，你直接把这两个文件xyz_parser.cpp和xyz_parser.h放进你的parsers文件夹中就可以了。他们后面再直接编译就可以读取ORCA的IRC任务的xyz文件中的原子坐标和能量。

作者
Author: wal 时间: 2025-9-14 14:08

Tanghaoru 发表于 2025-9-14 13:20
楼主，你直接把这两个文件xyz_parser.cpp和xyz_parser.h放进你的parsers文件夹中就可以了。他们后面再直 ...

已修改，感谢贡献

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2025-9-15 22:51
提议做个GaussianfakeG
能把巨大的几何优化输出文件进行一个压缩节约硬盘空间

作者
Author: wal 时间: 2025-9-16 14:06

ionexchangeC 发表于 2025-9-15 22:51
提议做个GaussianfakeG
能把巨大的几何优化输出文件进行一个压缩节约硬盘空间

我其实是考虑过的。但是考虑到不同的任务对输出文件信息的保留需求不一样，不知道要提取到什么程度合适，所以后来就先放着了。不过这个功能需要的提取函数在我另一个项目里基本都实现了，如果后面有空的话我可能会考虑把函数挪过来弄一个。

作者
Author: biogon 时间: 2025-9-18 12:29

Accelerator 发表于 2025-8-19 22:51
呼唤一个CP2KfakeG，不知道有没有人正在做或已经做了。如果没人做我可能会找个时间做，但不知道什么时候有 ...

我来整一个opt和aimd的

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