计算化学公社

标题: 万物fakeG薅gview羊毛 [打印本页]

作者
Author:
wal    时间: 5 day ago
标题: 万物fakeG薅gview羊毛
本帖最后由 wal 于 2025-8-7 18:06 编辑

最近连续学了几个新程序,每个程序都怀念gview的可视化,深感有时候不想切程序的原因也是真离不开gview。但是每个程序各有各的特点,没法认准一家,每次都从头搓一遍fakeG又很麻烦,干脆搭个框架,以后只写解析器。
GitHub:fakeG
如果大家有其他常用程序,比如pyscf,molpro啥的,可以利用/src/parser/parser_interface.h这里留的接口,写个解析器解析所需要的能量、坐标、梯度位移、振动分析数据,格式化输出就不用管了。

当前可用:
AfakeG:Atomic and molecular electronic structure program(Amesp) fake Gaussian转换器。
BfakeG:Beijing Density Functional(BDF) fake Gaussian转换器。
XfakeG:单帧/多帧xyz文件fake Gaussian转换器。此程序发现输入的多帧xyz文件是xtb/molclus/isostat的输出时会一并提取能量。
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
交叉编译出Windows程序也是可行的,都放在release里了。

ORCA由于已经有社长的OfakeG,就不重复造轮子了。



楼下mizu提到TDDFT提醒我了,在实现TDDFT格式转换之前,先在这里放一个AMESP的TDDFT组态系数转Multiwfn输入格式的脚本
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
对于大体系做了TDA-ATB计算,想要做空穴-电子分析的情况可以用这个脚本把aop转换成Multiwfn认识的格式,配合MOKIT传轨道来做
作者
Author:
quanta    时间: 5 day ago
感谢分享,正好想学一下c++了。
作者
Author:
mizu-bai    时间: 5 day ago
其实去年我就写了 AfakeG 了,https://github.com/mizu-bai/AfakeG,不过您要是有心情把 Amesp 的 IRC 和 TD-DFT 输出也转换了,那也算圆了大师一个心愿了。
作者
Author:
wal    时间: 5 day ago
本帖最后由 wal 于 2025-8-7 18:07 编辑
mizu-bai 发表于 2025-8-7 17:33
其实去年我就写了 AfakeG 了,https://github.com/mizu-bai/AfakeG,不过您要是有心情把 Amesp 的 IRC 和 T ...

转TDDFT输出我正有此意,我的监视脚本挺依赖Gaussian的TDDFT格式输出的
作者
Author:
wzkchem5    时间: 5 day ago
可以再搞一套把Gaussian输入文件翻译成ORCA/BDF/...输入文件的程序。我们BDF团队这边有老师对开发这个感兴趣,但是缺人手,你或者其他网友感兴趣的话我可以牵个线
作者
Author:
wal    时间: 5 day ago
wzkchem5 发表于 2025-8-7 19:09
可以再搞一套把Gaussian输入文件翻译成ORCA/BDF/...输入文件的程序。我们BDF团队这边有老师对开发这个感兴 ...

我是比较喜欢Gaussian那种紧凑的关键词输入的,写自动计算管理小程序的时候只要一行关键词就能告诉程序我要算什么,所以之前我还真考虑过这个。不过试着构思了一下感觉有点点难,主要是我对ORCA的输入不算特别熟,目前基本是翻一次手册写个模板输入,然后不出问题就再也不改了XD
作者
Author:
mizu-bai    时间: 5 day ago
wal 发表于 2025-8-7 17:59
转TDDFT输出我正有此意,我的监视脚本挺依赖Gaussian的TDDFT格式输出的

善哉,善哉!
作者
Author:
neocc    时间: 4 day ago
有办法转振动文件吗?xtb的,搜索TS和IRC需要。之前git上有个xtboptts的代码
  1. https://github.com/npe1011/xtboptts
复制代码
,用jmol看振动,效果不行
作者
Author:
wal    时间: 4 day ago
neocc 发表于 2025-8-8 01:05
有办法转振动文件吗?xtb的,搜索TS和IRC需要。之前git上有个xtboptts的代码,用jmol看振动,效果不行

应该可以转,我看看能不能直接把g98.out搞一下

作者
Author:
天路一方    时间: yesterday 11:46
感谢分享




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3