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标题: 关于多肽的优化和单点能中加入溶剂模型的问题 [打印本页]

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Author: zzz111zzz 时间: 3 day ago
标题: 关于多肽的优化和单点能中加入溶剂模型的问题
请教各位老师关于多肽的优化和单点能计算问题：我做的多肽是某种酶的抑制剂，在水溶液中反应（pH略微小于7），那么做多肽的多肽的优化和单点能计算时候：①是否必须要加溶剂模型scrf=(SMD,solvent=water)；②加了溶剂模型，输入的多肽初始结构是否需要氨基端带正电（NH3+）羧基端带负电（COO-），整体电中性；③如果没加溶剂模型，输入的多肽结构是氨基端不带电（NH2）羧基端不带电（COOH），整体电中性吗？最近看文献有点疑惑，因为觉得溶剂模型需要加，但是看别人发的文章很多多肽算完优化和单点能展示出来的结构都是氨基和羧基端不带电的，不知道是不是自己理解上哪一步是不是有问题

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