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标题: 物质中的某个C-C断裂的过渡态找寻失败，一直找不到理想的过渡态 [打印本页]
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 07:28
标题: 物质中的某个C-C断裂的过渡态找寻失败，一直找不到理想的过渡态
本人一直想找寻文件中物质中的某个C-C断裂（图片中所圈的）的过渡态，结果opt=ts找到的过渡态都不是断键的过程，想请教一下论坛的各位十分感谢，柔性扫描文件已上传，所用的方法泛函是m062x/def2svp
作者
Author: Minnong-121    时间: yesterday 10:00
http://sobereva.com/474参照这个，看了你的多重度，设置的是 2 ，应该优化自旋极化单重态。
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 11:57
Minnong-121 发表于 2025-8-11 10:00
http://sobereva.com/474参照这个，看了你的多重度，设置的是 2 ，应该优化自旋极化单重态。

谢谢您 我看了下贴子 但是我还是有点不太理解 因为这个体系实际上这一步算的是一个自由基去对烯烃双键的C进行加成的过渡态 我想着这个怎么着都还有个自由基所以自旋多重度就设为2了 目前是要把多重度直接改为1当成极化单重态去计算然后其他关键字都不改变是吗
作者
Author: sai77    时间: yesterday 12:02
本帖最后由 sai77 于 2025-8-11 16:33 编辑

从柔性扫描结果看，能量貌似是单调上升，跟我这个帖子的情况类似
http://bbs.keinsci.com/thread-53611-1-1.html

建议直接取键长为2.3-2.4左右的结构作为初猜，把键长冻结做一个限制性优化，看看出来的结果如何，如果虚频振动方向对了，再放开限制优化过渡态，记得一定要直接读取前一步优化的波函数

1. 取柔性扫描第8个点，目标CC键键长2.25埃，冻结该碳碳键，做一个限制性优化和振动分析。
  1. %mem=26GB
  2. %nprocshared=26
  3. %chk=Ic-m062x-r4-1.chk
  4. #p opt=modredundant freq scrf=(solvent=generic,read) def2svp em=gd3 m062x

  6. Title Card Required

  8. 0 2
  9. C                  1.15876300    0.18299000   -0.61884300
  10. C                  0.23868800   -0.51472800    0.18941600
  11. S                 -1.44710300   -0.43893300   -0.24337500
  12. C                 -1.99848400    1.24270500    0.01016500
  13. O                 -1.57233300   -0.70990800   -1.68353600
  14. O                 -2.19926200   -1.27283000    0.70815300
  15. C                 -2.46933300    1.61346200    1.26895600
  16. C                 -2.86264000    2.93442300    1.47663700
  17. C                 -2.78209600    3.86052100    0.43441800
  18. C                 -2.31458600    3.47112700   -0.82220200
  19. C                 -1.92001700    2.15217800   -1.04342100
  20. C                  2.50364900    0.50541700   -0.24123600
  21. C                  3.35748900    1.16301300   -1.16389900
  22. C                  4.66505100    1.48891700   -0.83172400
  23. C                  5.17796600    1.17151700    0.43182500
  24. C                  4.35447400    0.52026500    1.35608800
  25. C                  3.04384800    0.19070000    1.03258900
  26. C                  0.54209300   -2.68330400   -0.34538000
  27. H                  0.86051600    0.40664300   -1.64757500
  28. H                  0.35270000   -0.56546100    1.27544400
  29. H                 -2.53288500    0.86959700    2.06432700
  30. H                 -3.23743800    3.24112000    2.45391300
  31. H                 -3.09117400    4.89321400    0.60174700
  32. H                 -2.26253700    4.19577100   -1.63569700
  33. H                 -1.56855600    1.82066700   -2.02140500
  34. H                  2.96724100    1.41445400   -2.15280700
  35. H                  5.29615900    1.99630700   -1.56386300
  36. H                  6.20592900    1.42711200    0.69157400
  37. H                  4.74250500    0.26475400    2.34403300
  38. H                  2.42564900   -0.32014100    1.77298300
  39. H                  1.43109100   -2.67530900    0.28756400
  40. H                  0.66612000   -2.44242300   -1.40190600
  41. N                 -0.42174000   -3.54486000   -0.03005900
  42. C                 -0.60643700   -3.96564600    1.34444100
  43. H                 -1.35010300   -3.31372700    1.83003800
  44. H                 -0.96139100   -5.00450500    1.36766000
  45. H                  0.34617700   -3.89815100    1.88356700
  46. C                 -1.52249600   -3.82274200   -0.93548000
  47. H                 -1.68339800   -4.90912900   -0.98864600
  48. H                 -2.43887200   -3.33285000   -0.57635700
  49. H                 -1.28473200   -3.43399600   -1.93122600

  51. B 2 18 F

复制代码


2. 若虚频振动方向符合预期，放开限制找过渡态。
  1. %mem=26GB
  2. %nprocshared=26
  3. %oldchk=Ic-m062x-r4-1.chk
  4. %chk=Ic-m062x-r4-2.chk
  5. #p opt(calcfc,noeigen,ts) freq scrf=(solvent=generic,read) def2svp em=gd3 m062x guess=read geom=allcheck
复制代码
3. 检查波函数稳定性。
  1. %mem=26GB
  2. %nprocshared=26
  3. %oldchk=Ic-m062x-r4-2.chk
  4. %chk=Ic-m062x-r4-3.chk
  5. #p  stable scrf=(solvent=generic,read) def2svp em=gd3 m062x guess=read geom=allcheck
复制代码



作者
Author: sai77    时间: yesterday 16:19
807808917 发表于 2025-8-11 11:57
谢谢您 我看了下贴子 但是我还是有点不太理解 因为这个体系实际上这一步算的是一个自由基去对烯烃双键的C ...

自旋多重度你设的没问题
有一个单电子，明显不是单重态
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 17:32
本帖最后由 807808917 于 2025-8-11 17:34 编辑
sai77 发表于 2025-8-11 12:02
从柔性扫描结果看，能量貌似是单调上升，跟我这个帖子的情况类似
http://bbs.keinsci.com/thread-53611-1- ...

好的谢谢 我之前有试过pbe泛函跑过渡态成功跑出来了 但是我后面又咨询了下老师 他建议我这体系换成m062x来跑更合适 于是我就换了泛函 用之前跑出来的结构再重新跑结果再也没跑成功过，，， 我正在尝试您的方法
作者
Author: Solitude198    时间: yesterday 19:42
807808917 发表于 2025-8-11 17:32
好的谢谢 我之前有试过pbe泛函跑过渡态成功跑出来了 但是我后面又咨询了下老师 他建议我这体系换成m062x ...

有时候在m062x就是跑不出来，出了名的难收敛
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 20:29
Solitude198 发表于 2025-8-11 19:42
有时候在m062x就是跑不出来，出了名的难收敛

是的 我之前用m062x也是经常不收敛 他要是不收敛还好 问题现在他连过渡态都找不到了 找到其他奇奇怪怪的单键旋转去了 也没报错
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 20:34
本帖最后由 807808917 于 2025-8-11 20:36 编辑
sai77 发表于 2025-8-11 12:02
从柔性扫描结果看，能量貌似是单调上升，跟我这个帖子的情况类似
http://bbs.keinsci.com/thread-53611-1- ...

完蛋 结果没有虚频 我用的是之前可以找到过渡态的键长 我再换个键长试试
这是我的输入文件
%nprocshared=26
%mem=26GB
%chk=restricts1-Ic-m062x-freq.chk
# opt=modredundant freq scrf=(solvent=generic,read) def2svp em=gd3 m062x

Title Card Required

0 2
C                 -1.12333600   -0.71718200   -0.48430200
C                 -0.24835400   -0.19275100    0.38128000
S                  1.26426100    0.50366000   -0.20806700
C                  2.46923800   -0.79249400    0.00779800
O                  1.13691000    0.74436100   -1.65078700
O                  1.63848900    1.59975500    0.68492800
C                  3.19912600   -0.83769800    1.19380500
C                  4.13435000   -1.85793900    1.36336000
C                  4.32682100   -2.80398900    0.35546300
C                  3.59158000   -2.73694100   -0.83053600
C                  2.65351200   -1.72350800   -1.01370300
C                 -2.42072100   -1.31740300   -0.15092600
C                 -3.19134000   -1.86630000   -1.18678200
C                 -4.43017100   -2.44637900   -0.92058000
C                 -4.91580300   -2.48077000    0.38606200
C                 -4.15840900   -1.93250200    1.42560600
C                 -2.92136800   -1.35520500    1.16149500
C                 -1.31656800    2.82267600   -0.31414600
H                 -0.86765900   -0.67774700   -1.54874500
H                 -0.34927600   -0.15815700    1.46762300
H                  3.03896600   -0.07851500    1.96022900
H                  4.71743200   -1.91047700    2.28335700
H                  5.06046600   -3.59947100    0.49275400
H                  3.75351700   -3.47381400   -1.61787700
H                  2.07697100   -1.64433900   -1.93644200
H                 -2.81012100   -1.83633500   -2.20948900
H                 -5.01778200   -2.87058600   -1.73571500
H                 -5.88603400   -2.93252100    0.59754100
H                 -4.53766800   -1.95486200    2.44806300
H                 -2.34285700   -0.92729100    1.98167900
H                 -2.09453600    2.46704300    0.36409900
H                 -0.84587100    2.13931600   -1.01732600
N                 -0.57920900    3.91294300    0.07993400
C                 -1.22461000    4.94062300    0.86002300
H                 -0.47094600    5.53831700    1.39190300
H                 -1.83075400    5.62430800    0.23418000
H                 -1.88941200    4.47782000    1.60231800
C                  0.49941300    4.34159100   -0.77792100
H                  0.13788500    4.92359100   -1.64815800
H                  1.19947000    4.97095200   -0.21028300
H                  1.04115400    3.45770100   -1.13929400

B 2 18 F

eps=32.20
epsinf=2.16



作者
Author: Solitude198    时间: yesterday 20:48
807808917 发表于 2025-8-11 20:34
完蛋 结果没有虚频 我用的是之前可以找到过渡态的键长 我再换个键长试试
这是我的输入文件
%nprocshar ...

先把溶剂关了试试
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 21:31
Solitude198 发表于 2025-8-11 20:48
先把溶剂关了试试

是直接固定键长opt=modred 然后溶剂取消是吗 我试试
作者
Author: 807808917    时间: yesterday 23:02
sai77 发表于 2025-8-11 12:02
从柔性扫描结果看，能量貌似是单调上升，跟我这个帖子的情况类似
http://bbs.keinsci.com/thread-53611-1- ...

感谢大佬 我从2.25那个点出发找到过渡态了 太感谢了 感觉换个泛函之后结构变化好大啊 之前pbe找的过渡态键长到了3.多



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