计算化学公社

标题: 请问大家为什么用gview切晶面出现原子过近甚至重叠的现象？ [打印本页]
作者
Author: GauCPGro    时间: yesterday 15:30
标题: 请问大家为什么用gview切晶面出现原子过近甚至重叠的现象？
各位朋友大家好，想请教大家一个问题就是，我用gview 6.0.16切晶体原胞的高指数面，如Au的（611）面时，切出来的晶面有原子过近乃至重叠的诡异现象，而且切出来的晶胞尺寸好像也不太对劲，请问大家这个是什么原因呢？Au原胞的cif文件已上传。
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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: yesterday 16:11
单拿1x1x1原胞切(611)晶面确实因原子较少而无法满足正确的周期性。应该先在View一栏的Cell Replication设置b和c为6并点Combine获得1x6x6超胞，再去Reduce栏切出超胞的(111)晶面。

其实我更愿意拿免费且专业的VESTA做这种切晶面并扩胞的操作，因为VESTA有个用旧晶格矢量线性组合成新晶格矢量的功能是GaussView目前没有的。用VESTA加载Au的边长4.078 Å的面心立方惯用胞后，在菜单Edit - Edit Data - Unit Cell打开的窗口里点Transform，然后输入变换矩阵（注意VESTA的惯例是用变换矩阵右乘到原晶格矢量矩阵，而不是左乘）
  1. -0.5 -3.0  0.5
  2. 0.5 -3.0  0.5
  3. 0.0  1.0  3.0
复制代码

即可得到一个2.884 Å x 17.777 Å x 12.570 Å的正交超胞，所需的Au (611)晶面垂直于c轴方向。如还需要扩胞，将各列（不是各行）的系数等比例放大即可。
作者
Author: GauCPGro    时间: yesterday 21:13
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-11 16:11
单拿1x1x1原胞切(611)晶面确实因原子较少而无法满足正确的周期性。应该先在View一栏的Cell Replication设置 ...

感谢！解答很详细



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