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标题: sobtop基于m2Seminario方法产生的参数合理性问题 [打印本页]

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Author: TretopL 时间: yesterday 15:39
标题: sobtop基于m2Seminario方法产生的参数合理性问题
各位老师好，我需要对一个含Co、O、H元素的层状体系进行基于经典力场的MD模拟，由于无现成参数可用，遂采用sobtop基于m2Seminario方法产生参数。利用mol2文件和cp2k的频率分析文件作为输入。顺利得到了参数。
但是我在查看FFderiv后发现，参数的力常数看上去（相对于amber力场相应数值的数量级来说）并不合理，如下图，O-H键的k更是达到了惊人的10^5量级（相比而言，amber的ow-hw的k只有553，乘2后也只有10^3量级）。请问这是什么原因？（已经尝试过mSeminario和DRIH，mSeminario得到的数值差不多，DRIH则更大得离谱）
注：cp2k的计算级别：PBE-D3(BJ)+U（Co 3.32eV，用的Material Project数据库提供的值）/DZVP-MOLOPT-SR-GTH，gamma点，扩胞2x2x1（3x3x1也试了，最后结果大差不差）。先进行几何优化，再在同级别下读取几何优化的.wfn文件进行频率分析，得到out文件喂给sobtop。（我不太会cp2k，自学了数日，不知道级别是否合理，这个程序确实复杂，已经打算报卢老师的班了）
用这个参数模拟的结果其实还凑合，就是不知道是否靠谱。
谢谢各位老师解答！
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Author: sobereva 时间: yesterday 18:17
如果只是为了维持刚性，力常数直接猜个不大不小的值就完了，没必要基于Hessian算

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Author: TretopL 时间: yesterday 19:11

sobereva 发表于 2025-8-11 18:17
如果只是为了维持刚性，力常数直接猜个不大不小的值就完了，没必要基于Hessian算

谢谢sob老师回复。
那我是为了研究这个纳米片在溶液相对溶液中一种离子径向分布的影响，已经找到了合理的epsilon和sigma，能不能直接把这个纳米片结构直接冻了呢？

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Author: sobereva 时间: 9 hour ago

TretopL 发表于 2025-8-11 19:11
谢谢sob老师回复。
那我是为了研究这个纳米片在溶液相对溶液中一种离子径向分布的影响，已经找到了合理 ...

可以
但如果是单层的有柔性的纳米片，这样做可能无法如实体现出纳米片结构的波动

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Author: TretopL 时间: 4 hour ago

sobereva 发表于 2025-8-12 02:37
可以
但如果是单层的有柔性的纳米片，这样做可能无法如实体现出纳米片结构的波动

好的，谢谢sob老师的解答

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