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标题: GROMACS2025.2使用hbond-legacy的-nhbdist结果所有氢的氢键数始终为0是怎么回事 [打印本页]

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Author: cpplh 时间: yesterday 17:53
标题: GROMACS2025.2使用hbond-legacy的-nhbdist结果所有氢的氢键数始终为0是怎么回事
最近在学习sob老师的gromacs课程，在练习模拟水的体系的时候我发现在虚拟机使用gmx2018.8版本能正常显示与教材上相同的nhbdist结果，但是同样的文件放到gmx2025.2上nhbdist结果就显示为所有H都不形成氢键了，无论是windows版本的gromacs2025.2还是linux版本的gromacs2025.2都是如此，而其他的-num，-dist，-ang，-life等等的结果都与2018.8版本一致，只有nhbdist结果不对，甚至我怕是自己练习的时候哪里设置不对还拿sob老师file文件包中提供的mdp，top，gro文件使用2025.2版本的grompp生成tpr文件也计算了一下但还是没有氢键，以及直接拿sob老师产生好的tpr文件用gmx2025.2跑产生相模拟也同样没有氢键，难道是2025.2版本有bug吗，还是哪里出了问题

使用的命令：
gmx grompp -f prod.mdp -c eq.gro -p waterbox.top -t eq.cpt -o prod.tpr -maxwarn 1(会产生认为gromos用的twin-range的力场参数化方法物理意义不佳的警告，sob老师课上说可以忽略，所以我就用了maxwarn 1)
gmx mdrun -v -deffnm prod
gmx hbond-legacy -f prod.xtc -s prod.tpr -nhbdist -nomerge(2025.2版本)
gmx hbond -f prod.xtc -s prod.tpr -nhbdist -nomerge（2018.8版本）
结果：第一张是用2018.8跑的，第二是用2025.2跑的，用的都是上传文件跑的;第三张是2025.2产生的nhbdist.xvg，里面全为0
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上述提到的的文件
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Author: sobereva 时间: yesterday 21:10
用2018版，或者用新gmx里的gmx hbond-legacy

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Author: cpplh 时间: yesterday 21:55

sobereva 发表于 2025-8-11 21:10
用2018版，或者用新gmx里的gmx hbond-legacy

谢谢老师的回复，我使用2018版一切正常。但由于想用GPU加速，然后我电脑的显卡是50系的显卡，所以估计之后2025版的gromacs会使用的较多。用2025版gmx的时候我就是用的gmx hbond-legacy然后结果不对，我本来也想用新hbond试一下，但是我在使用手册当中找不到新版gmx的hbond计算nhbdist的命令。
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C:\Users\Administrator\Desktop\hbond.png

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Author: sobereva 时间: 15 hour ago
装一个2018.8又不碍事，机子里可以同时装多个版本。2018.8是很经典的版本，应当留一个。

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Author: cpplh 时间: 7 hour ago

sobereva 发表于 2025-8-12 02:35
装一个2018.8又不碍事，机子里可以同时装多个版本。2018.8是很经典的版本，应当留一个。

哦哦好的老师，我给忘记了gromacs可以同时装多个版本

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