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标题: 金属蛋白构建簇模结构冻结选择 [打印本页]

作者
Author: 小老弟 时间: 8 hour ago
标题: 金属蛋白构建簇模结构冻结选择
本人是分子动力学小白，目前在按照卢老师的文章（http://sobereva.com/597）和（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ7）进行时学习使用sobtop构建簇模型，其中在选择骨架结构进行冻结时有些疑惑，想请大佬们解惑！具体如下所示：
1、本研究使用的蛋白是一种锌指蛋白，其中金属离子Zn与蛋白质残基作用如图1，其中在选择保留骨架时选了以下两种，第一种为保存了与Zn离子进行相互作用的完整残基，冻结时冻结残基的全部骨架C\N\O原子，仅优化氢原子；第二种选择为对残基进行截取，仅保留α碳或者环状结构，冻结时就冻结这些C\N\O原子。
2、进行限制性优化时，使用win版Gaussian如何进行限制性优化？其中的参数选择有些不懂。

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               图1 Zn与残基作用关系
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                  图2 Zn与完整残基
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                  图3 Zn与截取后残基

作者
Author: 18217265596 时间: 6 hour ago
1、看算力算力充足的话可以保留完整残基并且只冻结骨架上的CA,C,N，不充足自己抉择。
算力充分甚至可以多保留几个aa，然后远的aa用半经验，近的用dft，这样充分考虑优化时其它aa的影响（但实际上没必要）
2，http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

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