计算化学公社

标题: 求助电解液体系能量最小化无法收敛 [打印本页]

作者
Author: Wxh18130507355 时间: yesterday 12:04
标题: 求助电解液体系能量最小化无法收敛
sob老师及各位前辈你们好，我是一个计算刚入门的小白，目前在使用gromacs对电解液体系进行能量最小化遇到了一些问题，希望能够得到sob老师以及各位前辈的帮助

，我的电解液体系是使用packmol构建的（其中含有260个四氢吡喃分子，50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子，10个硝酸根离子，60个锂离子，均是通过高斯单独优化的），使用Multiwin构建的chg文件，使用sobtop构建的itp文件（锂离子itp是从该kbff.chem.k-state.edu中的KBFF20中获取的，四氢吡喃分子使用例二Sobtop (sobereva.com)该方法基于GAFF力场，硝酸根与双氟磺酰基酰亚胺阴离子使用例一Sobtop (sobereva.com)方法），然后top文件均incloud了这四个itp文件，输入结构文件使用的MS转存的PDB格式文件，参数文件使用的 sob老师您推荐的适合绝大部分体系的em.mdp文件，然后正常运行是没有任何报错的，所有相应文件已上传，这里有两个问题想请求sob老师帮忙解答一下。

问题一：我排查了很多原因，原来是用MS建模的，现在使用的packmol建模，然后建模时也是将两种锂盐一同放入但是分开获取itp文件，itp文件以及力场应该是没有问题的，但是就是收敛不了，与收敛精度相差甚远，并且运行后能出结果但是会有以下的这种报错，我目前还不太懂这个是什么意思，请问各位老师这个是什么原因，这个是导致收敛不了的主要因素吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4)

问题二：请问各位老师，em.mdp文件里的各个参数是如何确定的，如何能找到适合自己电解液体系的em.mdp文件参数？或者说，是存在有对电解液体系进行能量最小化的mdp模板吗，有没有好心人可以分享一下

(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: spinel 时间: yesterday 13:08
Li离子应该直接引用gromacs自带的力场文件中对应的ions文件，另外，你用的是GAFF力场，但是top文件中用的是OPLS-AA力场

作者
Author: Wxh18130507355 时间: yesterday 15:18

spinel 发表于 2025-8-12 13:08
Li离子应该直接引用gromacs自带的力场文件中对应的ions文件，另外，你用的是GAFF力场，但是top文件中用的是 ...

好滴前辈，请问前辈Li的atomtype在哪里能够找到呀，GAFF力场的引用是在top文件中引用#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"吗，我在gromacs的share/top目录下没有发现GAFF力场的相关文件

作者
Author: spinel 时间: yesterday 15:36

Wxh18130507355 发表于 2025-8-12 15:18
好滴前辈，请问前辈Li的atomtype在哪里能够找到呀，GAFF力场的引用是在top文件中引用#include "amber99sb ...

1.不需要写Li的atomype，正确直接引用ions.itp即可。2.GAFF和amber兼容，引用amber的力场即可。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: yesterday 15:52

spinel 发表于 2025-8-12 15:36
1.不需要写Li的atomype，正确直接引用ions.itp即可。2.GAFF和amber兼容，引用amber的力场即可。

明白了，谢谢前辈！还想请问前辈，第一张图中的warning:由于截断方案是velvet从而移除所有电荷组，包括Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'THP'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'F2No4S2-'
Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'Li'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'No3-'
这些都是可忽略的吗

作者
Author: spinel 时间: yesterday 16:06

Wxh18130507355 发表于 2025-8-12 15:52
明白了，谢谢前辈！还想请问前辈，第一张图中的warning:由于截断方案是velvet从而移除所有电荷组，包括Ex ...

没有报错error的话可以先试着接着往下做

作者
Author: Wxh18130507355 时间: yesterday 21:47

spinel 发表于 2025-8-12 16:06
没有报错error的话可以先试着接着往下做

好滴，谢谢前辈

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)