计算化学公社

标题: 我想在体系内添加一定的离子（KMLCA等），但amber99.ff下ions.itp没有原子类型 [打印本页]

作者
Author: 苏烟流光 时间: yesterday 17:25
标题: 我想在体系内添加一定的离子（KMLCA等），但amber99.ff下ions.itp没有原子类型
各位大大，我的体系是分子在竞争环境下模拟铀离子吸附，现在准备添加一定数目的K,Mg，Ca等离子，但是我查看amber99.ff下的ions.itp文件，发现并没有atomtypes，因此导致报错ERROR 1 [file Ca.itp, line 7]: Atomtype C0 not foundThere was 1 note，所以我该如何获得这些Atomtype呢。我的top文件是由sobtop生成（eg2），还有就是我想问铀离子并没有在gromacs定义，我能否在GaussView自己构建UO22+，然后用Sobtop生成相应的文件，如果可以能否依然参考例二的步骤。

(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 5 hour ago
ions.itp里涉及的原子的atomtype的定义在AMBER力场目录下的ffnonbonded.itp，你引用AMBER力场目录的forcefield.itp自然就对它们有定义了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)