计算化学公社

标题: 求助含卤素有机小分子RESP电荷计算以及力场选择 [打印本页]

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-12 18:56
标题: 求助含卤素有机小分子RESP电荷计算以及力场选择
我在做一个有机共轭分子(L8BO)和含卤素有机分子（对二碘苯）共同体系的分子动力学模拟，有机共轭分子主要是CHNO原子，在做完两者的DFT计算后，基于DFT计算，对于共轭分子我采用multiwfn标准的RESP拟合以及GAFF原子类型，但是对于含卤素的对二碘苯，我想问以下是否可以采取同样的办法，RESP拟合是否需要改进，GAFF力场是否适合含卤素有机分子。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-13 00:00
可以用RESP电荷结合GAFF力场。GAFF对F、Cl、Br、I都有定义，看一下sobtop目录下LJ_param.dat里带的原子类型定义便知

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-13 21:25

sobereva 发表于 2025-8-13 00:00
可以用RESP电荷结合GAFF力场。GAFF对F、Cl、Br、I都有定义，看一下sobtop目录下LJ_param.dat里带的原子类型 ...

好的！谢谢老师！我先模拟看看！

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-14 14:48
本帖最后由 lts！于 2025-8-14 17:31 编辑

sobereva 发表于 2025-8-13 00:00
可以用RESP电荷结合GAFF力场。GAFF对F、Cl、Br、I都有定义，看一下sobtop目录下LJ_param.dat里带的原子类型 ...

老师模拟情况不对，我之前单独给有机共轭分子模拟时用2fs步长全程跑没有问题，但是加上二碘苯之后，他会出现压力波动过大的报错，我试了0.5到5的tau_p都不能解决这个问题，最后发现用1fs才能不报错开始跑，但是跑2ns之后，有机共轭分子则是自发向盒子内部聚集，二碘苯分散在盒子四周的真空区里，可是在实验中两者是相容的，然后我又跑了6ns，发现NPT模拟时盒子尺寸越跑越大，二碘苯更多地分布在盒子外围。我给力常数的时候都是键长键角用mSeminario方法，二面角用GAFF预建参数。最开始温度设为650K，因为文献里对于纯的有机共轭分子模拟基本上都是先在这个温度下平衡后再退火到300K，为了保持一致我加入了添加剂也是这个温度。之后我试了300K，发现300K可以正常2fs跑，跑了1ns两种分子不会分开，再试500K时跑2fs会报错，不知道是温度的问题还是是二碘苯力常数设置的问题
(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0)
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
图1 能量最小化100收敛后可视化图

(, 下载次数 Times of downloads: 17)
图2 能量最小化后2fs跑报错
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
图3 1fs跑2ns后可视化图

(, 下载次数 Times of downloads: 15)
图4 以2fs步长续跑6ns可视化图
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
C:\Users\28749\Desktop\3.png
图5 300K 2fs步长跑1ns可视化图
(, 下载次数 Times of downloads: 16)
图6 500K 2fs步长报错

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)