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标题: 求助：配体限制文件中的索引序号 [打印本页]

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Author: crush 时间: yesterday 15:23
标题: 求助：配体限制文件中的索引序号
我想做一个蛋白-小分子体系的拓扑文件跑动力学，蛋白拓扑用gromacs做，小分子从蛋白中提取出来用高斯算能量，Multiwfn_3.8拟合RESP电荷，Sobtop制作拓扑
但是Sobtop出来的小分子拓扑中原子索引是1开始的，而我的复合物gro文件是从序号4459开始的，我用gro文件做小分子的限制文件时原子索引也是4459开始，这样的话就和拓扑文件中的序号对不上了，报错：原子索引超过范围
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请问各位老师，这种情况我把gro文件中小分子的序号从1开始重新编，然后再做小分子的位置限制文件，这样的做法是否正确？
还是说sobtop产生小分子的gro文件后直接做限制文件？

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 17:20
[ position_restraint ]是对于你当前这个[ moleculetype ]而言的，既然这个[ moleculetype ]里[ atoms ]从1开始，自然[ position_restraint ]里的序号就必须从1开始
要明白[ position_restraint ]不是全局字段，而是[ moleculetype ]里的字段。这跟结构文件里的原子序号毫无关系

作者
Author: crush 时间: 8 hour ago

sobereva 发表于 2025-8-13 17:20
[ position_restraint ]是对于你当前这个[ moleculetype ]而言的，既然这个[ moleculetype ]里[ atoms ]从1 ...

明白了，谢谢老师

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