计算化学公社

标题: 请问做完分子动力学模拟后如何导出溶质分子的轨迹文件 [打印本页]

作者
Author: TUT 时间: 前天 22:09
标题: 请问做完分子动力学模拟后如何导出溶质分子的轨迹文件
之前为了寻找稳定构象做了势能面扫描，但感觉不太全面，希望用分子动力学模拟补充一些构象搜索。因为目标溶质分子有一个八元环结构，所以没有用gentor程序，用Material Studio构建了如图的溶剂盒子并跑了动力学模拟。请问各位老师用Material Studio做完分子动力学模拟之后该如何导出单个分子或者溶质分子的轨迹文件呢？或者该如何做下一步的构象搜索呢？尝试了perl脚本，但是好像只能导出全部分子。

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 03:50
别自己在标题里手写[Material Studio]这种标签，这次给你去掉了，以后注意

我不知道你的实际目的是什么，如果是为了做单分子的构象搜索，根本不需要跑这种液体盒子体系，直接按下文方式跑动力学就完了
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

或者用M$跑单分子的动力学也行
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

作者
Author: TUT 时间: yesterday 17:33

sobereva 发表于 2025-8-14 03:50
别自己在标题里手写[Material Studio]这种标签，这次给你去掉了，以后注意

我不知道你的实际目的是什么 ...

好的，下次会注意，感谢老师指导！因为想搜索溶质分子在溶剂环境下的稳定构象，不知道是不是会有单分子真空下跑不出来的构象，所以就搭建了溶剂盒子

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 22:03

TUT 发表于 2025-8-14 17:33
好的，下次会注意，感谢老师指导！因为想搜索溶质分子在溶剂环境下的稳定构象，不知道是不是会有单分子真 ...

你优先应当想到的是在构象搜索时用隐式溶剂模型，而不是跑动力学

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)