计算化学公社

标题: 使用RESP2_ORCA.sh生成的.chg文件为空 [打印本页]

作者
Author: Lingmou 时间: 前天 13:07
标题: 使用RESP2_ORCA.sh生成的.chg文件为空
本帖最后由 Lingmou 于 2025-8-14 20:56 编辑

我利用ORCA结合Multiwfn计算一种401个原子的煤大分子的RESP2电荷，用的是sob老师的RESP2_ORCA.sh懒人脚本在12核64G内存的虚拟机中运行，nprocs=8，maxcore=5000（工作站内存只有64G，计算过程中内存可以跑满），但是最终产生的.chg文件为空，且没有gas.chg和solv.chg。

终端中显示ORCA的计算任务已经完成，但是Multiwfn计算过程出现错误，显示RESP2_ORCA.sh脚本中第203行和256行命令没有成功运行，分别是计算气相和液相中RESP原子电荷的EOF终止命令。
我在另一个有相同问题的帖子里看到sob老师回复重新安装Multiwfn，《使用RESP2.sh生成chg文件为0 - 波函数分析与Multiwfn》，但是我用Multiwfn计算其他小分子的原子电荷时是可以正常运行的。

由于在Running single point task in gas via ORCA过程中终端中已经报错了，故我在Running single point task in solvent via ORCA时保存了SP.inp和SP.molden，手动将SP.molden文件导入Multiwfn计算RESP2电荷弹出Note：Number of GTFs of present system is large，我按提示将settings.ini文件中的"iESPcode"数值改为1，采用较慢的ESP计算方法，并将.bashrc文件中OMP_STACKSIZE环境变量设为4000M，但是非常慢，正在等待计算结果

请问：1、我保存的SP.inp中有ORCA优化好的分子结构，我后面是否可以将SP.inp中保存的结构坐标导入原来的结构文件，再用RESP2_ORCA_noopt.sh脚本直接算RESP2原子电荷，跳过几何优化过程？
2、我对Multiwfn报错的处理方式是否正确，以及有没有更快的处理方法，现在算的好慢

3、我想用这个煤大分子在GAFF力场下计算其在一定压力下对各种小分子气体的吸附过程，我在《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》中看到sob老师推荐GAFF力场采用RESP2(0.5)电荷，但是针对我这个研究内容而言，RESP2_ORCA.sh脚本任务中Running single point task in gas via ORCA结束后得到的真空下的RESP原子电荷会不会更合适

小白提问，请各位大佬解答，非常感谢！

计算结束终端显示如下：
Running optimization task under solvent via ORCA...
Done!

Running single point task in gas via ORCA...
Done!
Running orca_2mkl...
Running Multiwfn...
./RESP2_ORCA.sh: line 203: 12259 Killed Multiwfn SP.molden -ispecial 1 > /dev/null <<EOF
7
18
1
y
0
0
q
EOF

mv: cannot stat ‘SP.chg’: No such file or directory
RESP charges in gas phase has been outputted to gas.chg

Running single point task in solvent via ORCA...
Done!
Running orca_2mkl...
Running Multiwfn...
./RESP2_ORCA.sh: line 256: 14316 Killed Multiwfn SP.molden -ispecial 1 > /dev/null <<EOF
7
18
1
y
0
0
q
EOF

mv: cannot stat ‘SP.chg’: No such file or directory
RESP charges in solvent phase has been outputted to solv.chg
rm: cannot remove ‘SP_*’: No such file or directory
paste: gas.chg: No such file or directory

Finished! The optimized atomic coordinates with RESP2 charges (the last column) have been exported to shenhua2.chg in current folder
Please properly cite Multiwfn in your publication according to "How to cite Multiwfn.pdf" in Multiwfn package

作者
Author: 牧生 时间: 前天 16:54
优化后的结构文件发出来，我试试

作者
Author: sobereva 时间: 前天 20:30
嫌慢就找个更好的机子用更多核，或者降低基组

Multiwfn在普通双路服务器上算400原子的RESP电荷结合6-311G*档次基组轻轻松松，仔细看下文的测试和讨论
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）

不要尝试用很差的机子算巨大的体系

iESPcode=1显然只会慢得要死，毫无尝试的意义

作者
Author: Lingmou 时间: 前天 21:00

牧生发表于 2025-8-14 16:54
优化后的结构文件发出来，我试试

您好，优化后的结构文件放在帖子附件里了

作者
Author: Lingmou 时间: 前天 21:01

sobereva 发表于 2025-8-14 20:30
嫌慢就找个更好的机子用更多核，或者降低基组

Multiwfn在普通双路服务器上算400原子的RESP电荷结合6-311 ...

好的好的，谢谢sob老师

作者
Author: 牧生 时间: yesterday 13:54
本帖最后由牧生于 2025-8-15 14:25 编辑

有结果了，在B3LYP D3级别下，直接算这个分子的单点是很不行的，我机子的128G内存也不够，orca会提示内存不够而报错。

但是用B97-3c级别就可以，十分钟以内算完单点，然后Multiwfn算RESP电荷花了半天，附件给你算出来的RESP电荷的文件。

如果你想用更好一点的RESP2电荷，那就要自己再找找计算资源量。但我觉得对于这种情景，RESP电荷也够了。

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: Lingmou 时间: yesterday 22:36

牧生发表于 2025-8-15 13:54
有结果了，在B3LYP D3级别下，直接算这个分子的单点是很不行的，我机子的128G内存也不够，orca会提示内存不 ...

我测，感激不尽！大佬，占用您计算资源了

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