计算化学公社

标题: 关于biphenylene network 建模问题 [打印本页]

作者
Author: 屁屁桶 时间: 2025-8-14 14:16
标题: 关于biphenylene network 建模问题
想建一个联苯的模型但是不知道能否从数据库导入还是直接绘制联苯烯网络的基本单元
(, 下载次数 Times of downloads: 21) (, 下载次数 Times of downloads: 23)
https://science.sciencemag.org/content/372/6544/852
https://doi.org/10.1016/j.fuel.2023.129652
https://doi.org/10.1016/j.ijhydene.2024.07.275

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-14 15:32
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-8-14 15:33 编辑

从空间群看等效碳原子也就两个，根据晶胞参数和键长换算成分数坐标，在VESTA里搭一下也就两分钟不到的事情。c轴方向故意设成10埃是为了足够大而不代表最优层间距。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: 屁屁桶 时间: 2025-8-14 19:34
本帖最后由屁屁桶于 2025-8-14 19:49 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-14 15:32
从空间群看等效碳原子也就两个，根据晶胞参数和键长换算成分数坐标，在VESTA里搭一下也就两分钟不到的事情 ...

我把这个建模导入MS后进行扩胞我想留下单层联苯但是MAKE P1后发现整体都删除了

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-14 21:03

屁屁桶发表于 2025-8-14 19:34
我把这个建模导入MS后进行扩胞我想留下单层联苯但是MAKE P1后发现整体都删除了

无论是建模还是计算，我都不用M$的。直接看cif文本文件就会发现里面只有两个碳原子，显然就已经是单层了，你看到的效果是因为(1)软件把碳原子放在盒子边界，且(2)软件把盒子边界上的原子显示在两端，而不是按实际组成只显示一个。另外用截屏代替拍照更好。

作者
Author: 屁屁桶 时间: 2025-8-15 10:18

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-14 21:03
无论是建模还是计算，我都不用M$的。直接看cif文本文件就会发现里面只有两个碳原子，显然就已经是单层了 ...

好的非常感谢我下次注意

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-15 10:54

屁屁桶发表于 2025-8-15 10:18
好的非常感谢我下次注意

只需要回复一次就能让我看到消息了，还有要补充的直接编辑就好，不用重复发帖。

我已经说得很清楚了我做的这个文件里就是单层结构，为什么你还另外发个主题帖http://bbs.keinsci.com/thread-55164-1-1.html去问呢？请自行删除并把问题合并到此帖来问。

作者
Author: 屁屁桶 时间: 2025-8-15 11:15

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-15 10:54
只需要回复一次就能让我看到消息了，还有要补充的直接编辑就好，不用重复发帖。

我已经说得很清楚了我 ...

不好意思因为我编辑了好几次删除不了之前没有回复你的感谢所以就显示了好几遍我以为你不用MS所以我又到MS去问了我想问问为啥MS打开是双层的要怎么样调才能是单层的不好意思啊

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-15 11:29
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-8-15 11:37 编辑

屁屁桶发表于 2025-8-15 11:15
不好意思因为我编辑了好几次删除不了之前没有回复你的感谢所以就显示了好几遍我以为你不用MS所以我又 ...

在编辑帖子时先进入“高级模式”，再按这里说的方法就能删除了。

我不理解一个显示效果的问题为啥纠结这么久，如果我在4楼说的话有什么不清楚的可以直接问。我给你的.cif文件对应结构有且只有单层的两种碳原子，直接在这上面继续添加修改原子就行（实在搞不懂就说一说建模需求），别管软件是如何显示的，也别删除任何碳原子。

编辑：那个z坐标5.0确实是0.5打错了，但是不影响结论。无论z分数坐标是多少都实际只有一层，影响的只是层在c轴方向的位置，5.0和0.0应该是等效地把原子放在边界上了。

作者
Author: 屁屁桶 时间: 2025-8-15 14:08

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-15 11:29
在编辑帖子时先进入“高级模式”，再按这里说的方法就能删除了。

我不理解一个显示效果的问题为啥纠结 ...

已经删除了多余的回复了再找怎么删除帖子的方法了已经因为我是个完全的新手就是想做这个东西我们课题组资源只有MS 所以对建模不太懂我刚刚试着下了vesta 将Z坐标改成了0.5后再导入MS后显示就只有一层了因为我后续可能在这个上面修饰原子我以为视觉上的双层可能会有影响真的非常感谢你

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)