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标题: 设置了碳纳米管的周期性，为什么聚合物还是会跑到碳管内部？ [打印本页]

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Author: NGC626 时间: 前天 22:05
标题: 设置了碳纳米管的周期性，为什么聚合物还是会跑到碳管内部？
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-14 22:07 编辑

各位老师好，我在模拟碳纳米管和聚合物吸附的动力学过程时，对碳管设置了周期性，但是在动力学过程后，聚合物仍然会跑到碳管内部，请问是mdp文件中的设置没有生效吗？如果不是的话，请问可能是什么原因导致的呢？体系中有两根碳管，一根弛豫，另一根是完全放开的，分别用AA和BB表示。

作者
Author: sobereva 时间: 前天 22:11
我没时间具体看这些文件。跑到碳管内部，要么是盒子尺寸不对，导致纳米管实际上不是周期性的，聚合物从两端进入了。VMD里把盒子显示出来看轨迹便知
要么是初始结构本来聚合物就在盒子里
要么是LJ参数不对，导致纳米管没表现出对聚合物位阻作用
没什么其它可能了

作者
Author: NGC626 时间: 前天 22:20
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-14 22:29 编辑

sobereva 发表于 2025-8-14 22:11
我没时间具体看这些文件。跑到碳管内部，要么是盒子尺寸不对，导致纳米管实际上不是周期性的，聚合物从两端 ...

谢谢sob老师回复，在初始建模的时候，聚合物没有摆放在在碳管中，各分子的拓扑文件也是利用sobtop生成，力场参数应该也没有问题，动力学轨迹里显示，在0.5ns的时候，聚合物的支链就进入了碳管内，体系中的碳管长度大约是2nm，之前看到您的这条回复(盒子尺寸)，所以我把盒子的尺寸设得比较大，是7*7*8，请问需要把盒子的尺寸改小一点吗？

作者
Author: sobereva 时间: 前天 22:43

NGC626 发表于 2025-8-14 22:20
谢谢sob老师回复，在初始建模的时候，聚合物没有摆放在在碳管中，各分子的拓扑文件也是利用sobtop生成， ...

显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段，而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必须和纳米管尺寸一致

作者
Author: NGC626 时间: 前天 22:59

sobereva 发表于 2025-8-14 22:43
显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段，而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: NGC626 时间: yesterday 21:25
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-15 21:29 编辑

sobereva 发表于 2025-8-14 22:43
显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段，而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必 ...

sob老师好，我对碳纳米管和聚合物吸附的体系做动力学模拟时发现，在对碳管设置了周期性后，如果冻结碳管的话，聚合物不会跑到碳管的内部；如果放开碳管的话，聚合物则会跑到碳管的内部，请问这样的现象正常吗？请问是否是因为放开的时候，周期性的设置不会生效呢？

作者
Author: sobereva 时间: 1 hour ago

NGC626 发表于 2025-8-15 21:25
sob老师好，我对碳纳米管和聚合物吸附的体系做动力学模拟时发现，在对碳管设置了周期性后，如果冻结碳管 ...

VMD里显示出盒子，从头到尾观看轨迹了解分子是怎么运动的，自然就知道怎么回事了

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