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标题: 如何与脂质分子进行共组装动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: JIAO0525 时间: 17 hour ago
标题: 如何与脂质分子进行共组装动力学模拟
各位老师好，我在使用gromacs进行药物分子与PEG化脂质分子在水中的共组装动力学模拟，模拟采用gaff力场和TIP3P水模型，NPT跑了50ns，最终结果如图1。我如果想模拟出脂质分子将药物分子完全包裹住的状态，该如何进行完善呢？完全包裹的状态是否可能实现呢？目前的结果看起来是PEG化脂质分子只共组装到药物分子的一侧，并未完全包裹。（紫色为药物分子，灰色为PEG化脂质） (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: tptp 时间: 17 hour ago
可是不是具有周期性吗？你把周期性部分也可视化出来，是不是药物分子就被包裹住了

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