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标题: 求助:一有机物的水溶液模拟,最小化过程最大受力不收敛 [打印本页]

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oillio    时间: yesterday 14:38
标题: 求助:一有机物的水溶液模拟,最小化过程最大受力不收敛
各位老师好,我在进行一有机物的水溶液模拟。依次将有机物与水插到盒子中后进行最小化,最大受力总是不能收敛,不知问题出在哪里,想请教一下各位老师。下面是我的拓扑文件。 (, 下载次数 Times of downloads: 2)
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oillio    时间: yesterday 14:49
此外,烦请老师帮我检查一下我的拓扑文件是否正确。我直接将opc的参数加到了C14A3.itp中的atomtypes,并没有加在amber力场的forcefield.itp中。

用spce水模型就没问题,用opc就会不收敛。我也尝试分开模拟opc和C14A3,都能正常进行,混合在一起就不知是哪里出了问题。
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sobereva    时间: 19 hour ago
没OPC模拟时对应的体系结构文件没法说,倘若里面的水分子和opc.itp描述的不对应,或者结构文件与top不对应,自然会异常
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oillio    时间: 14 hour ago
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oillio    时间: 14 hour ago
sobereva 发表于 2025-8-16 04:18
没OPC模拟时对应的体系结构文件没法说,倘若里面的水分子和opc.itp描述的不对应,或者结构文件与top不对应 ...

老师 我已上传结构文件 压缩包中的是混合后的体系结构文件 如有问题还请您帮我指正一下




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