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标题: 如何分析蛋白质的二级结构 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2017-4-6 23:41
标题: 如何分析蛋白质的二级结构
本帖最后由 alystone 于 2017-4-6 23:44 编辑

非生物专业初做蛋白质，问一些基础的问题，希望见谅。我做了蛋白质变化前后的NewRibbons的图像对比，如下图，是否就能说明蛋白的二级结构由之前的alpha-螺旋转变为beta-折叠。螺旋条带变粗说明了什么。除了分析这个转变，一般分析蛋白的二级结构还需要分析一些哪些方面。谢谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-7 04:40
NewRibbons并不展现二级结构，它只是展现骨架位置，用NewCartoon才能展现二级结构
如果你分析的是一条轨迹，考察整个轨迹中的二级结构变化，注意二级结构只是对于你选择NewCartoon时的哪一帧结构判断的。如果让每一帧都重新判断一次二级结构，看此幻灯片
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其中用到的.tcl文件在此 (, 下载次数 Times of downloads: 108)

另外可以通过VMD自带的Timeline插件分析整个轨迹中各个残基所属的二级结构变化。
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作者
Author: alystone 时间: 2017-4-7 10:21
本帖最后由 alystone 于 2017-4-7 16:40 编辑

sobereva 发表于 2017-4-7 04:40
NewRibbons并不展现二级结构，它只是展现骨架位置，用NewCartoon才能展现二级结构
如果你分析的是一条轨迹 ...

谢谢sob老师深夜解答，而且如此详细。

作者
Author: 青青青 时间: 2019-7-22 17:01

sobereva 发表于 2017-4-7 04:40
NewRibbons并不展现二级结构，它只是展现骨架位置，用NewCartoon才能展现二级结构
如果你分析的是一条轨迹 ...

老师，已知多肽序列时，请问有什么软件能预测多肽的二级结构呢？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-23 19:05

青青青发表于 2019-7-22 17:01
老师，已知多肽序列时，请问有什么软件能预测多肽的二级结构呢？谢谢老师

这种预测是很不可靠的
下文里有一些相关的工具，可以搜搜
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43

作者
Author: 青青青 时间: 2019-8-16 10:15

sobereva 发表于 2019-7-23 19:05
这种预测是很不可靠的
下文里有一些相关的工具，可以搜搜
计算化学相关的免费的在线数据库及工具

好，谢谢老师

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