计算化学公社

标题: 使用gromacs对AF3得到蛋白-蛋白复合物结构的实验结果进行稳... [打印本页]

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Author: 夜航星 时间: 2025-8-18 09:45
标题: 使用gromacs对AF3得到蛋白-蛋白复合物结构的实验结果进行稳...
请问一下公社里面的各位老师，使用gromacs对AF3得到蛋白蛋白复合物结构的实验结果进行稳定性模拟和结合能预测是否具有意义和可行性？AF3的iptm能否反映结合的紧密程度？如果还需要获取结合的紧密程度比如结合能应该结合哪些程序获取？直接使用helixfold可以吗？我对我的蛋白蛋白质复合物的模拟同时使用了AF3,HELIXFOLD,发现结果差距不是很大，大约在百分之10以内，那使用helixfold是否也是相当具有可行性的？可惜helixfold官网对使用smiles字符的配体的重原子数进行了限制，无法像AF3一样进行较大的分子的输入

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Author: 樊樊樊 时间: 2025-8-18 10:14
AF3结果解读：https://alphafoldserver.com/guid ... om-alphafold-server，你可以看一下这个网站。
蛋白与蛋白以PTM为主，小分子和蛋白参考PAE 或 pLDDT。
结合能，紧密度这些你把AF3预测的结构下载，然后选一个得分高的，跑分子动力学模拟，跑完了过后在做计算。
helixfold我看他官网上面和alphafold相差不大，不过能用alphafold就用alphafold呗，虽然每天只能用20次任务。
不知道以上解答有没有问题

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Author: 夜航星 时间: 2025-9-22 17:24

樊樊樊发表于 2025-8-18 10:14
AF3结果解读：https://alphafoldserver.com/guides#section-3:-interpreting-results-from-alphafold-serve ...

蛋白蛋白结合的可能性不是PTM吗？我也尝试了在本地进行蛋白和小分子的结合，但是得到的文件里面还是iptm和ptm,虽然还有一些问题，但是感谢您的回答

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Author: student0618 时间: 2025-9-22 19:04
本帖最后由 student0618 于 2025-9-23 01:56 编辑

蛋白-蛋白常用的就是ipTM和pDockQ 分数，不过它们是confidence 相关不是稳定性。结合能应该还是MD算较好。

我个人挺反感AF3(在线+离线版)极多限制的使用条款，目前在尝试使用开源协定的 boltz-2 (MIT license)

作者
Author: HNUST 时间: 2025-9-22 22:44
亲测，两个不能结合的东西进行af3预测，然后模拟，他不会分离。因为时间太短，平常100ns看不出来

作者
Author: 夜航星 时间: 2025-9-23 08:42

student0618 发表于 2025-9-22 19:04
蛋白-蛋白常用的就是ipTM和pDockQ 分数，不过它们是confidence 相关不是稳定性。结合能应该还是MD算较好。
...

boltz-2我甚至还加了他们在国外的社群，准备试试呢，可惜老师那边催的急，就用AF3了，而且我们这里的网速特别慢，只有2MB左右，下载一段时间还会给你断网，给我折磨坏了，目前B2的生态也没有AF3好，老师们也没有听说过，就没有尝试了，同志要是有新进展记得DD我

作者
Author: 夜航星 时间: 2025-9-23 09:00

HNUST 发表于 2025-9-22 22:44
亲测，两个不能结合的东西进行af3预测，然后模拟，他不会分离。因为时间太短，平常100ns看不出来

请问同志用的GMX进行的模拟吗？预测得到的分数是多少？我尝试过使用AF3预测酶和蛋白质，结果得到的iptm并不是很高，ptm却很高，应该是不好预测酶和底物能否反应吧

作者
Author: HNUST 时间: 2025-9-23 09:41

夜航星发表于 2025-9-23 09:00
请问同志用的GMX进行的模拟吗？预测得到的分数是多少？我尝试过使用AF3预测酶和蛋白质，结果得到的iptm并 ...

相互作用分数非常低。desmond跑的

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Author: 夜航星 时间: 2025-9-29 14:18

HNUST 发表于 2025-9-22 22:44
亲测，两个不能结合的东西进行af3预测，然后模拟，他不会分离。因为时间太短，平常100ns看不出来

我是接着我师兄的东西用autodock做某两个物质的分子对接，结果发现不管怎么对接都对接不上，用AF3就能对接得上，实验结果应该是能结合的，iptm是0.74，我都不敢想之前的分子对接都是怎么做的，可能是因为我们的这些个体系的柔性都比较高吧，可扭转键基本上都是40个以上了，得自己减少可扭转键数量才能做对接

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-29 16:42
本帖最后由 student0618 于 2025-9-29 16:43 编辑

夜航星发表于 2025-9-29 14:18
我是接着我师兄的东西用autodock做某两个物质的分子对接，结果发现不管怎么对接都对接不上，用AF3就能对 ...

Autodock不能作蛋白-蛋白对接，它不能处理peptide的二面角。

除了AF/boltz 等最新cofolding方法，就是其他蛋白对接工具，服务器有例如HADDOCK, cluspro, lightdock 等。

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-29 21:59

夜航星发表于 2025-9-23 08:42
boltz-2我甚至还加了他们在国外的社群，准备试试呢，可惜老师那边催的急，就用AF3了，而且我们这里的网速 ...

我另开新帖写了些boltz-2的试用心得，见 http://bbs.keinsci.com/thread-56056-1-1.html

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Author: 夜航星 时间: 2025-11-7 08:41

student0618 发表于 2025-9-29 21:59
我另开新帖写了些boltz-2的试用心得，见 http://bbs.keinsci.com/thread-56056-1-1.html

感谢同志你的帮助，我目前也正在探索boltz-2的使用，请问能做个视频发到网站上讲讲吗？

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Author: student0618 时间: 2025-11-7 10:57

夜航星发表于 2025-11-7 08:41
感谢同志你的帮助，我目前也正在探索boltz-2的使用，请问能做个视频发到网站上讲讲吗？

抱歉我的中文口说不行，看看有没有其他人有心制作了。

作者
Author: 夜航星 时间: 2025-11-27 17:18

student0618 发表于 2025-9-29 21:59
我另开新帖写了些boltz-2的试用心得，见 http://bbs.keinsci.com/thread-56056-1-1.html

顺便问一下同志，这里面结合能和iptm哪个更能反映蛋白质之间的结合能力或者说某些有抗菌能力的多肽的MIC？

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Author: student0618 时间: 2025-11-27 17:33

夜航星发表于 2025-11-27 17:18
顺便问一下同志，这里面结合能和iptm哪个更能反映蛋白质之间的结合能力或者说某些有抗菌能力的多肽的MIC ...

目前他的结合能只适用于蛋白-小分子
见https://github.com/jwohlwend/bol ... properties-affinity

Properties (affinity)
properties is an optional field that allows you to specify whether you want to compute the affinity. If enabled, you must also provide the chain_id corresponding to the small molecule against which the affinity will be computed. Only one single small molecule can be specified for affinity computation. It must be a ligand chain (not a protein, DNA or RNA) and has to be at most 128 atoms counting heavy atoms and hydrogens kept by RDKit RemoveHs, however, we do not recommend running the affinity module with ligands significantly larger than 56 atoms (counted as above, limit set during training). At this point, Boltz only supports the computation of affinity of small molecules to protein targets, if ran with an RNA/DNA/co-factor target, the code will not crash but the output will be unreliable.

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