标题: sobtop生成COF体系的gromacs的itp时，会警告说原子类型错误 [打印本页] 作者Author: 。。。 时间: 2025-8-21 10:21 标题: sobtop生成COF体系的gromacs的itp时，会警告说原子类型错误 各位老师好，我最近计算一个COF体系，然后使用sobtop来生成itp和top文件，但是会警告“Warning: atom type of N6 (ne) and C9 (ce) may be wrong.”，提示说N以及和该N相连的C可能错误，我查看LJ_param中ne和ce的定义，感觉是符合我的体系的，所以我忽略了这个警告，但是在跑完100ns的NPT后，6层COF每一层的扭曲程度会比较大。想请教各位老师为什么会发生这种现象，是我哪里操作有问题吗 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
好的，感谢社长。不过社长我现在有这个COF的重复单元，我之前是直接扩胞后，截取了其中一个孔道，因为这个盒子是倾斜的，所以我就直接把它放置到一个立方盒子中，这样看的确把体系变成孤立的。想请教社长，要怎么才能构建周期性的体系呢，因为完全没有接触过COF，所以真的不知道该怎么弄。 (, 下载次数 Times of downloads: 1)