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标题: 含Ga3+金属离子配体的参数化，基组选择问题 [打印本页]

作者
Author: chao831 时间: 2025-8-21 20:06
标题: 含Ga3+金属离子配体的参数化，基组选择问题
本帖最后由 chao831 于 2025-9-18 15:36 编辑

各位老师同学好,

本人量子小白，想请教一下各位老师和前辈

之前有给含有金属离子的药物分子（如图，含有一个Ga3+离子在螯合部分）做配体参数化，用于之后gromacs跑动力学。
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

当时只参考了amber网站上的笨蛋教程 https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy_heme.php
他们用Gaussian在B3LYP/6-31G* level给含Fe的ligand做了优化（opt），振动（freq）和RESP计算，当时什么也不懂也就只用了这个level。

最近拜读了sob老师的文章，发现这个6-31G*可能对这个Ga3+不适合，不知道是否应该重新做opt freq...

之后跑的好多动力学MD都是在之前参数化的基础上进行的，跑起来也没什么问题，金属和螯合物部分的键长在MD中也很正常。要是得重新算一遍，这些MD就相当于作废了，非常心疼...
想请教一下大家是否应该重做呢，重做的话用pbe1pbe/genecp em=gd3bj, C H N O F用6-31G*，Ga部分用SDD可以吗？

提前感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-22 03:05
Gaussian自带的SDD对Ga没极化函数，不建议用，还不如6-31G*的描述质量。6-31G*描述Ga可以接受，对Ga若要用赝势基组节约时间，至少用lanl08(d)，下文有说明
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

注意正确拼写Gaussian

推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生这个的拓扑文件

作者
Author: chao831 时间: 2025-8-23 04:08

sobereva 发表于 2025-8-22 03:05
Gaussian自带的SDD对Ga没极化函数，不建议用，还不如6-31G*的描述质量。6-31G*描述Ga可以接受，对Ga若要用 ...

谢谢sob老师！

作者
Author: chao831 时间: 2025-8-23 04:45
本帖最后由 chao831 于 2025-8-23 05:06 编辑

sobereva 发表于 2025-8-22 03:05
Gaussian自带的SDD对Ga没极化函数，不建议用，还不如6-31G*的描述质量。6-31G*描述Ga可以接受，对Ga若要用 ...

谢谢老师，想再请教一下：相同的情况下，假如将该类化合物的金属换成Zn或者Tc这样的过渡金属，那对金属部分使用pbe1pbe，em=gd3bj 配上SDD基组合适吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-23 08:53

chao831 发表于 2025-8-23 04:45
谢谢老师，想再请教一下：相同的情况下，假如将该类化合物的金属换成Zn或者Tc这样的过渡金属，那对金属部 ...

可以

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