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标题: 求助cp2k.2025.2版本安装问题，tblite出错 [打印本页]
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Author: 1138711019    时间: 2025-8-22 11:21
标题: 求助cp2k.2025.2版本安装问题，tblite出错
由于2025.2版本的dftd4集合到了tblite中，正好也想用xtb-gfn2，于是就直接安装了tblite。但是这个模块似乎有点问题？好像跟之前论坛里提到的dftd4安装出错一样？求解决~


安装的时候使用如下代码进行编译：
  1. ./install_cp2k_toolchain.sh  --with-cmake=system  --with-mkl=system --with-fftw=install --with-elpa=no --with-sirius=no --with-libtorch=no --with-plumed=install --with-ninja=install  --with-libvdwxc=no --with-tblite=install
复制代码
但是在最后make阶段出现了问题，报错代码如下：
  1. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/src/tblite_types.F:17:7:

  3.    17 |    USE mctc_io, ONLY: structure_type, new
  4.       |       1
  5. Error: The rank of the element in the structure constructor at (1) does not match that of the component (0/1)
  6. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/src/tblite_types.F:18:7:

  8.    18 |    USE tblite_xtb_calculator, ONLY: xtb_calculator
  9.       |       1
  10. Error: Invalid initialization expression for ALLOCATABLE component ‘repulsion’ in structure constructor at (1)
  11. make[3]: *** [/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/Makefile:517: tblite_types.o] Error 1
  12. make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
  13. /usr/bin/gfortran -c -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -g -march=native -mtune=native  -O3 -funroll-loops     -m64 -I/opt/intel/oneapi/mkl/2022.1.0/include -I/opt/intel/oneapi/mkl/2022.1.0/include/fftw -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/include' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libxc-7.0.0/include' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec/include' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/COSMA-2.7.0/include' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/gsl-2.8/include' -I/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/spglib-2.5.0/include -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/toml-f/modules' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/mctc-lib/modules' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/s-dftd3/GNU-9.4.0' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/dftd4/GNU-9.4.0' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/tblite/GNU-9.4.0' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/include' -fbacktrace -ffree-form -fimplicit-none -std=f2008  -Werror=aliasing -Werror=ampersand -Werror=c-binding-type -Werror=intrinsic-shadow -Werror=intrinsics-std -Werror=line-truncation -Werror=tabs -Werror=target-lifetime -Werror=underflow -Werror=unused-but-set-variable -Werror=unused-variable -Werror=unused-dummy-argument -Werror=unused-parameter -Werror=unused-label -Werror=conversion -Werror=zerotrip -Wno-maybe-uninitialized -Wuninitialized -Wuse-without-only  -D__LIBXSMM    -D__MKL -D__FFTW3  -D__LIBINT -D__LIBXC -D__LIBGRPP    -D__SPGLIB -D__LIBVORI -D__TBLITE -D__DFTD4 -D__DBCSR    -D__COMPILE_ARCH=""local"" -D__COMPILE_DATE=""2025年 08月 22日 星期五 10:50:05 CST"" -D__COMPILE_HOST=""nemlab-hpc"" -D__COMPILE_REVISION=""git:3158929"" -D__DATA_DIR=""/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/data"" -D__SHORT_FILE__=""eri_mme/eri_mme_lattice_summation.F"" -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/src/eri_mme/' -I'/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/obj/local/ssmp/exts/dbcsr' eri_mme_lattice_summation.F90
  14. make[2]: *** [/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/Makefile:148: all] Error 2
  15. make[1]: *** [/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/Makefile:130: psmp] Error 2
  16. make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
  17. make[2]: *** [/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/Makefile:148: all] Error 2
  18. make[1]: *** [/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/Makefile:130: ssmp] Error 2
  19. make: *** [Makefile:125: all] Error 2
复制代码



作者
Author: sobereva    时间: 2025-8-23 12:26
确保编译器版本兼容。Rockylinux 9自带的编译器编译CP2K 2025.2没任何问题，我都已经用CP2K调用tblite做过诸多实际计算，并且相关使用介绍还会加入到下一届（第5届）的北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里

那个叫GFN2-xTB
作者
Author: lomochon    时间: 2025-8-27 09:38
主要是编译过程中tblite下载不完全，含tblite的库文件和编译好的tblite可参见https://pan.baidu.com/s/1hlLLNWXKVWBhama2Y3rnJQ?pwd=mnkk
作者
Author: 乐平    时间: 2025-8-27 10:34
本帖最后由 乐平 于 2025-8-27 10:35 编辑

首先，你是不是有什么误会…… tblite 和 DFTD4 是两个不同的模块，tblite 对应的是轻量化 xTB 和 DFTB+，参考它的官方 gitHub 仓库
https://github.com/tblite/tblite
在 ReadMe 的标题里就明确写了 Light-weight tight-binding framework，介绍里也写了
This project is an effort to create a library implementation of the extended tight binding (xTB) Hamiltonian which can be shared between xtb and dftb+.

和 DFTD4 没有什么关系

报错大概率是下载不完全，你可以重新编译一下，注意编译过程中的信息，比如
  1. wget --quiet https://www.cp2k.org/static/downloads/XXXX
复制代码


wget 是 Linux 系统下载的命令，后面的网址就是下载的地址，XXXX 是下载的程序模块对应的压缩包。
如果下载失败，你可以自己复制网址，用浏览器自己下载，然后上传到服务器里，放在你自己的路径里。
从你贴的内容来看，你的路径是
  1. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build
复制代码


然后再重新编译。
网速不好的情况下，缺什么就自己手动补什么。

----------

另外，你编译之前用
  1. ./install_cp2k_toolchain.sh -h
复制代码

查看一下预编译的各项参数，你会发现：
  
--with-fftw 默认是安装的，所以 --with-fftw=install 完全可以不写
--with-libtorch 默认就是不安装的，所有 --with-libtorch=no 完全可以不写
--with-dftd4 默认就是安装的，而安装 dftd4 默认是需要 ninjia 的，所有 --with-ninja=install 完全可以不写（而且 cp2k 里也没有设置设个参数……）

作者
Author: 1138711019    时间: 2025-8-28 14:58
乐平 发表于 2025-8-27 10:34
首先，你是不是有什么误会…… tblite 和 DFTD4 是两个不同的模块，tblite 对应的是轻量化 xTB 和 DFTB+， ...

谢谢老师的详细回答，您说的方法我都试了，目前是挂了梯子来下载（没挂梯子前也用这个方法自己下载过，然后上传到服务器）我主要是出现了两个问题：
1.安装dftd4，dftd4预编译都是没问题的，但是make就会报错，出现如下报错：
  1. f951: Warning: Nonexistent include directory ‘-I’ [-Wmissing-include-dirs]
  2. f951: Warning: Nonexistent include directory ‘-I/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/include’ [-Wmissing-include-dirs]
  3. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/tools/build_utils/fypp -n --line-marker-format=gfortran5 /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/src/rpa_im_time_force_types.F rpa_im_time_force_types.F90
  4. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/src/qs_dispersion_d4.F:47:7:

  6.    47 |    USE dftd4,                           ONLY: d4_model, &
  7.       |       1
  8. Fatal Error: Cannot open module file ‘dftd4.mod’ for reading at (1): No such file or directory
  9. compilation terminated.
  10. make[3]: *** [/home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/Makefile:516: qs_dispersion_d4.o] Error 1
  11. make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
复制代码

另外，tblite里面是包含了dftd4，因为之前写 --with-tblite=install  --with-dftd4=install 后toolchian不会安装dftd4，查了install_cp2k_toolchain.sh里面确实有这么一段：
  1. #tblite includes dftd4 - deactivate it
  2. if [ "${with_tblite}" != "__DONTUSE__" ]; then
  3.   with_dftd4="__DONTUSE__"
  4. fi
复制代码

2.直接安装tblite，之前挂梯子预编译也经常报错，无法连接到https://aur.archlinux.org/packages/dftd4-git，（好像是被删了？）通过其他手段下载到本地再上传服务器对应文件夹似乎也没用，重新编译tblite，整个文件夹都会被重写。最后也不知道怎么解决的（可能梯子是换到阿美利卡就好了），突然就能连接上了，然后正常编译出来，到了make阶段又出现了如下报错：
  1. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/src/tblite_types.F:17:7:

  3.    17 |    USE mctc_io, ONLY: structure_type, new
  4.       |       1
  5. Error: The rank of the element in the structure constructor at (1) does not match that of the component (0/1)
  6. /home/nemlab/Downloads/cp2k-2025.2/cp2k-2025.2/src/tblite_types.F:18:7:

  8.    18 |    USE tblite_xtb_calculator, ONLY: xtb_calculator
  9.       |       1
  10. Error: Invalid initialization expression for ALLOCATABLE component ‘repulsion’ in structure constructor at (1)
复制代码

现在是完全摸不着头脑，不知道是不是tblite包有问题还是怎么的
作者
Author: 1138711019    时间: 2025-8-28 15:05
lomochon 发表于 2025-8-27 09:38
主要是编译过程中tblite下载不完全，含tblite的库文件和编译好的tblite可参见https://pan.baidu.com/s/1hlL ...

好滴，我试试呢
作者
Author: 1138711019    时间: 2025-8-28 15:05
sobereva 发表于 2025-8-23 12:26
确保编译器版本兼容。Rockylinux 9自带的编译器编译CP2K 2025.2没任何问题，我都已经用CP2K调用tblite做过 ...

好滴，我看看是不是有不兼容的情况
作者
Author: 共和国面壁者    时间: 2025-8-28 17:27
本帖最后由 共和国面壁者 于 2025-8-28 17:33 编辑

我是rocky linux10安装cp2k2025.2，昨天刚装完，关键词是./install_cp2k_toolchain.sh --with-libxsmm=install --with-elpa=install --with-libxc=install --with-libint=install --with-gsl=no --with-libvdwxc=no --with-spglib=no --with-hdf5=no --with-spfft=no --with-cosma=no  --with-libvori=no --with-sirius=no --with-scalapack=install --with-openblas=install --with-fftw=install --with-openmpi=system --with-plumed=system --with-gcc=system --with-ninja=install --with-tblite。
cmake是toolchain装的，fftw也是；openmpi、plumed是自己装的。

多试试几个关键词（但也如前面的老师所述，有几个no、install是多余的，但是没报错就不管了）；然后每次报错再试的时候，我都把install文件夹删除了；最后，这是安装包，你放build文件夹吧。

作者
Author: 1138711019    时间: 2025-8-29 15:27
共和国面壁者 发表于 2025-8-28 17:27
我是rocky linux10安装cp2k2025.2，昨天刚装完，关键词是./install_cp2k_toolchain.sh --with-libxsmm=inst ...

我甚至试过tblite-0.5.0版本的，最后也是报错，估计跟gcc有关，我用的是9.4.0.
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2025-9-15 10:13
1138711019 发表于 2025-8-29 15:27
我甚至试过tblite-0.5.0版本的，最后也是报错，估计跟gcc有关，我用的是9.4.0.

tblite的在线手册中提到过“Supported Compilers” https://tblite.readthedocs.io/en ... supported-compilers 。
作者
Author: 1138711019    时间: 2025-9-16 09:05
Daniel_Arndt 发表于 2025-9-15 10:13
tblite的在线手册中提到过“Supported Compilers” https://tblite.readthedocs.io/en/latest/installati ...

谢谢您，确实是这个问题，我把gcc升到了15.1.0了就没问题了
作者
Author: dongsj    时间: 2025-11-25 17:12
1138711019 发表于 2025-9-16 09:05
谢谢您，确实是这个问题，我把gcc升到了15.1.0了就没问题了

我也遇到了相同的问题，./install_cp2k_toolchain.sh正常运行，但是make阶段报错
/usr/bin/gfortran -c -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -g -march=native -mtune=native  -O3 -funroll-loops     -m64 -I/opt/intel/oneapi/mkl/2025.1/include -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/fftw-3.3.10/include' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/include' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libxc-7.0.0/include' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec/include' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/COSMA-2.7.0/include'  -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/gsl-2.8/include' -I/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/hdf5-1.14.6/include  -I/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/spglib-2.5.0/include -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/pugixml-1.15/include' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/SpFFT-1.1.1/include' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/SpLA-1.6.1/include/spla'  -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/toml-f/modules' -I'' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/s-dftd3/GNU-11.4.0' -I'' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/tblite/GNU-11.4.0' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/include' -fbacktrace -ffree-form -fimplicit-none -std=f2008  -Werror=aliasing -Werror=ampersand -Werror=c-binding-type -Werror=intrinsic-shadow -Werror=intrinsics-std -Werror=line-truncation -Werror=tabs -Werror=target-lifetime -Werror=underflow -Werror=unused-but-set-variable -Werror=unused-variable -Werror=unused-dummy-argument -Werror=unused-parameter -Werror=unused-label -Werror=conversion -Werror=zerotrip -Wno-maybe-uninitialized -Wuninitialized -Wuse-without-only  -D__LIBXSMM    -D__MKL -D__FFTW3  -D__FFTW3  -D__LIBINT -D__LIBXC -D__LIBGRPP     -D__HDF5  -D__SPGLIB -D__LIBVORI       -D__TBLITE -D__DFTD4 -D__DBCSR    -D__COMPILE_ARCH="\"local\"" -D__COMPILE_DATE="\"2025年 11月 25日 星期二 15:27:17 CST\"" -D__COMPILE_HOST="\"dws002\"" -D__COMPILE_REVISION="\"git:3158929\"" -D__DATA_DIR="\"/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/data\"" -D__SHORT_FILE__="\"tip_scan_types.F\"" -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/src/' -I'/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/obj/local/ssmp/exts/dbcsr' tip_scan_types.F90
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘-I/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/s-dftd3/GNU-11.4.0’ [-Wmissing-include-dirs]
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘-I/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/tblite/GNU-11.4.0’ [-Wmissing-include-dirs]
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘-I/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/s-dftd3/GNU-11.4.0’ [-Wmissing-include-dirs]
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘-I/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/tblite-0.4.0/include/tblite/GNU-11.4.0’ [-Wmissing-include-dirs]
make[2]: *** [/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/Makefile:148：all] 错误 2
make[1]: *** [/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/Makefile:130：psmp] 错误 2
make[1]: *** 正在等待未完成的任务....
make[2]: *** [/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/Makefile:148：all] 错误 2
make[1]: *** [/home/dsj/Software/cp2k-2025.2/Makefile:130：ssmp] 错误 2
make: *** [Makefile:125：all] 错误 2

楼主最后gcc升级就解决了吗，我用gcc 10,11,12,15都试过都是这个报错。。
作者
Author: dongsj    时间: 2025-11-25 20:22
dongsj 发表于 2025-11-25 17:12
我也遇到了相同的问题，./install_cp2k_toolchain.sh正常运行，但是make阶段报错
/usr/bin/gfortran -c  ...

找到问题了，之前安装了cp2k 2025.1在安装.2时tblite0.4.0的安装跳过了依赖导致，把之前的环境注销在安装就可以了



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