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标题: 二面角拟合如何判断是否要考虑二面角之间的耦合 [打印本页]

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-25 12:09
标题: 二面角拟合如何判断是否要考虑二面角之间的耦合
本帖最后由 lts！于 2025-9-3 15:42 编辑

问题1：请问对于我这样的分子，这两个特别接近的二面角项拟合时，是否需要考虑两者之间的耦合，从目前二面角2扫描得出的曲线来看，不是很平滑，如果确实是耦合比较强的二面角该怎么办呢
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图1 二面角1
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图2 二面角2
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图3 已得到的柔性扫描曲线图
问题2：二面角拟合是否可以采用更恰当的模型体系，比如去掉长四个烷基链以减少不必要的计算量。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-26 04:59
1 存在明显耦合是必然的，毕竟都是同一片pi共轭区域内

2 应当简化体系。既显著节约时间，又避免无关基团碍事

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-26 10:24

sobereva 发表于 2025-8-26 04:59
1 存在明显耦合是必然的，毕竟都是同一片pi共轭区域内

2 应当简化体系。既显著节约时间，又避免无关基团 ...

1.老师，那这种存在明显耦合的情况该怎么处理恰当呢？
2.我的想法就是单纯的把长烷基链用甲基代替，仅保留大共轭平面，这样可行吗，还有更好的办法吗，老师？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-27 08:01

lts！发表于 2025-8-26 10:24
1.老师，那这种存在明显耦合的情况该怎么处理恰当呢？
2.我的想法就是单纯的把长烷基链用甲基代替，仅保 ...

1 不太讲究就忽略耦合，如果讲究就参考诸如AMBER19SB用的cmap项（具体看原文），在扫描氨基酸残基的psi和phi二面角的时候就考虑了二者的耦合项

2 可以。离被扫描的二面角比较远的（且pi共轭不涉及的）基团都可以截掉并饱和

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-27 19:36

sobereva 发表于 2025-8-27 08:01
1 不太讲究就忽略耦合，如果讲究就参考诸如AMBER19SB用的cmap项（具体看原文），在扫描氨基酸残基的psi和 ...

好的好的谢谢老师！

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-29 15:55
本帖最后由 lts！于 2025-8-29 15:57 编辑

sobereva 发表于 2025-8-27 08:01
1 不太讲究就忽略耦合，如果讲究就参考诸如AMBER19SB用的cmap项（具体看原文），在扫描氨基酸残基的psi和 ...

老师，我其中一个二面角扫描结果呈这样
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一个问题是在三个点有突变，这还能简单的单个二面角拟合吗，
还有个问题就是旋转360°之后能量差别看着有点大，这会影响结果吗，我可以从初始稳定结构出发，±180°扫描，这样会好一点吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-29 17:53

lts！发表于 2025-8-29 15:55
老师，我其中一个二面角扫描结果呈这样

一个问题是在三个点有突变，这还能简单的单个二面角拟合吗，

体系简化得还不够充分所致
看下文理解为什么会突变
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

作者
Author: lts！ 时间: 2025-8-29 21:38

sobereva 发表于 2025-8-29 17:53
体系简化得还不够充分所致
看下文理解为什么会突变
详谈使用Gaussian做势能面扫描

好的好的，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)