计算化学公社

标题: 求助ORCA运行时共享内存备份文件空间不足的问题 [打印本页]

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-8-25 15:24
标题: 求助ORCA运行时共享内存备份文件空间不足的问题
本帖最后由 Voidmio 于 2025-8-25 15:44 编辑

最近在调试学校的计算服务器。在正确安装ORCA后，使用多核运行时无论如何都会出现以下报错（单核运行不报此错）：

(, 下载次数 Times of downloads: 1)
看起来应该是/dev/shm空间不足，df -h /dev/shm 发现其只有64MB。。
由于是学校的集群，本人并没有sudo权限，无法调整/dev/shm的大小，而管理员老师对此也知之甚少。。
为此绕过这个问题做了诸多尝试，包括且不限于尝试改变TMPDIR修改默认缓存文件夹以及创建软链接到磁盘其他地方，都无法阻止ORCA将共享内存文件尝试写入/dev/shm并报错
由是想请教各位老师有没有什么高招，来应对这个情况呢

试过所有的输入文件都不行，几乎都是Multiwfn生成的，它们在我自己的机器上也都是可以算的。
ORCA版本从5.0.4到6.1.0都尝试过，OpenMPI版本从4.1.1到4.1.8都尝试过，应该不是版本的问题；
尝试修改过%mem分配，很小到很大调整都没啥用

作者
Author: wjc404 时间: 2025-8-25 19:55
本帖最后由 wjc404 于 2025-8-25 20:20 编辑

猜测/dev/shm是给MPI并行时进程间通信用的。https://docs.open-mpi.org/en/mai ... /shared-memory.html
如果是docker，可以在启动容器时指定--shm-size=1gb。
如果是物理机，应该和管理员反馈，因为不止orca会用/dev/shm，还有其他很多涉及MPI的程序(如果df -h显示有一个tmpfs可写且空余空间大于64MB，则可以尝试设置环境变量OMPI_MCA_btl_sm_backing_directory为这个tmpfs的挂载路径，看能不能在管理员解决以前临时绕过去）。

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-8-26 15:44

wjc404 发表于 2025-8-25 19:55
猜测/dev/shm是给MPI并行时进程间通信用的。https://docs.open-mpi.org/en/mai ... /shared-memory.html
...

谢谢您的意见，但我尝试了所有tmpfs，都是不可写入的，绕感觉是绕不过去了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)