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标题: 电解液体系运行分子模拟的详细步骤流程是什么？以及各步骤的处理方法？ [打印本页]

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Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-25 17:43
标题: 电解液体系运行分子模拟的详细步骤流程是什么？以及各步骤的处理方法？
各位老师好，我是刚入门的计算小白，想请教你一些用gromacs运行模拟计算所需要解决的问题。我所要构建的模拟体系是电解液，包含（40个Li+、10个DFOB-、30个TFSI-和300个DMS分子）
问题1：模拟计算流程确认
（1）利用高斯对所选的分子分别优化（B3LYP/6-311+G（d，p））后，用packmol构建溶液盒子。在这里我想问的是LiDFOB和LiTFSI是作为一个整体进行优化吗？还是要把阴阳离子分开来做优化呢？Li+应该没有做优化的必要吧
（2）将高斯计算出的chk文件转换成fchk文件后，用Multiwin生成个分子的chg文件
（3）在高斯中构建出的pdb文件的基础上，使用sobtop构建各分子离子的top和itp文件，其中Li离子按sob老师先前一个帖子所述应直接引用gromacs自带的力场文件中对应的ions文件，其他的分子离子是基于GAFF力场构建itp文件。
（4）撰写包含四个itp文件的top文件。在这里我有个问题是Li的itp文件怎么写呢，看帖子有老师说不需要写，正确直接引用ions.itp即可，这是指在哪个文件里正确引用呀？top文件吗？#include "amber99sb-ildn.ff/ion.itp"?还有GAFF力场的引用也是在top文件中吗？include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"吗，这是需要专门把这个Li.itp和ambe力场文件分别提出来放在文件夹中，让系统调用，还是说gromacs中有，在gromacs软件中调用即可呢？这里我不太明白
（5）采用适用于绝大多数体系的em.mpd文件做能量最小化计算，其中所输入结构文件是用packmol构建的的那个盒子结构文件(需要转成.pdb格式)
（6）撰写npt.mdp文件运行分子模拟

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Author: sobereva 时间: 2025-8-26 05:08
用sobtop分别产生DFOB-、TFSI-、DMS的拓扑文件。不能同时带着Li+

通过#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp得到对Li+的[moleculetype]的定义

PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里给了巨量例子，以及对拓扑文件、相关背景知识极其详细的讲解，零基础初学者系统学一遍就全明白了，也不会犯任何低级错误。没有比这更快的顺利上手GROMACS做计算的方式了

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Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-26 10:42
谢谢老师的答复，我还有个问题是，在用packmol构建盒子时，发现填充的各分子原子是随机分布的，但是像LiDFOB和LiTFSI这种阴阳离子对他们在初始放入时应该也是成对加入的吧，我如果是将Li+、DFOB-、TFSI-单独加入的话它们之间就分散的厉害。这种情况如何处理呢?可以直接将高斯处理后的LiDFOB和LiTFSI.pdb放入packmol读取构建吗？不把阴阳离子分开

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Author: YCJ_CSU 时间: 2026-1-3 21:50
贴主你好，请问（将高斯计算出的chk文件转换成fchk文件后，用Multiwin生成个分子的chg文件）这一步是干什么，有什么作用吗

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