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标题: 磷脂双分子层之间的滑移问题 [打印本页]

作者
Author: xsc6 时间: 2025-8-25 22:08
标题: 磷脂双分子层之间的滑移问题
各位老师好，我现在模拟的是磷脂双分子层结构（上层嵌入一个两亲性分子），但是发现模拟过程中两层之间滑移很厉害，学习了sob老师的培训班，培训班讲义上写道：“单纯膜体系上层、下层和水分别消除平动，如果是膜蛋白，则蛋白和两层膜作为同一组消除平动”，对于我的体系，我尝试（1）两亲性分子+上层膜，下层膜和水设置为三个组；（2）两亲性分子+双层膜和水设置为两个组，这两种方法发现滑移都比较厉害，请问有什么比较好的方法么 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-26 05:15
我只能怀疑组的定义不对

作者
Author: greatzdk 时间: 2025-8-26 14:06
我建议先加力限制跑一段时间再放开

作者
Author: xsc6 时间: 2025-8-26 16:26

sobereva 发表于 2025-8-26 05:15
我只能怀疑组的定义不对

感谢sob老师解答，仔细检查检查发现使用方法（1）两亲性分子+上层膜，下层膜和水设置为三个组时，上层有一个H原子进入了下层组，已更正重新跑，谢谢

作者
Author: xsc6 时间: 2025-8-26 16:28

greatzdk 发表于 2025-8-26 14:06
我建议先加力限制跑一段时间再放开

谢谢您的解答，我仔细检查检查发现使用方法（1）两亲性分子+上层膜，下层膜和水设置为三个组时，上层有一个H原子进入了下层组，已更正重新跑，我在开始动力学之前进行了限制性动力学，给膜和两亲性分子施加了限制势，跑了200ps，不知道这个时间尺度是否足够

作者
Author: xsc6 时间: 2025-8-26 22:46

sobereva 发表于 2025-8-26 05:15
我只能怀疑组的定义不对

sob老师您好，确保组重新定义正确后问题依然没有解决，我上传了初始结构、100ns后的结构的图片（由于文章未发表，目前具体分子结构暂无法公开）、mdp文件和index文件（由于大小限制，保留了部分组，包括用到的组），mdp文件中定义的分别是上层膜+两亲性分子、下层膜和溶剂，index文件中“1-7560”为上层膜，7561-16200“是下层膜，”37783-38007“是小分子，也不确定是不是mdp文件设置的有问题，麻烦老师再帮我看看，谢谢 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-27 08:12

xsc6 发表于 2025-8-26 22:46
sob老师您好，确保组重新定义正确后问题依然没有解决，我上传了初始结构、100ns后的结构的图片（由于文章 ...

我不知道这两个图各是什么。如果一个是初始结构一个是最终结构，光靠这两张图本身并无法看出存在虚假的滑移

如果你看轨迹确认出现显著的滑移，先尝试把那三个组依次做冻结并且跑MD，确认组的定义确实无误。如果组无误，并且MD过程中滑移得过于厉害，尝试改小nstcomm，以及可以考虑把部分磷脂的某个原子加上xy方向的限制势

mdp没有明显问题

作者
Author: xsc6 时间: 2025-8-27 09:12

sobereva 发表于 2025-8-27 08:12
我不知道这两个图各是什么。如果一个是初始结构一个是最终结构，光靠这两张图本身并无法看出存在虚假的滑 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: greatzdk 时间: 2025-8-27 10:32
我觉的可能问题不大，如果你把Z方向的周期性看，可能没啥问题，不存在所谓滑动。你把Z方向的镜像产生一下看看

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