计算化学公社

标题: 求助，SiC1110晶面吸附DNA体系 [打印本页]

作者
Author: pye 时间: 2025-8-26 10:00
标题: 求助，SiC1110晶面吸附DNA体系
本帖最后由 pye 于 2025-8-26 14:28 编辑

我利用sobtop制作SiC110晶面基于UFF力场的top文件中不包含电荷是正确的吗，我根据网上的教程想要利用chimera为其计算电荷，但是我利用MS建立的模型保存不了mol文件，这个问题该怎么解决。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-26 11:32
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-8-26 11:33 编辑

“1110晶面”是从哪看来的记号？SiC有很多种晶型，不同晶系均通用的Miller指数的记号(hkl)根本不是这个格式，而六方/三方晶系有时会用的含冗余指数的特殊记号(hkil)也应该满足i = –(h+k)关系。虽然Miller指数用上划线表示负号的字符不容易直接输入，但把负号标记清楚还是必须的。

作者
Author: pye 时间: 2025-8-26 14:27

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-26 11:32
“1110晶面”是从哪看来的记号？SiC有很多种晶型，不同晶系均通用的Miller指数的记号(hkl)根本不是这个格式 ...

应该是11-20晶面，在MS软件切面时是110，我多打了个1

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-26 17:00

pye 发表于 2025-8-26 14:27
应该是11-20晶面，在MS软件切面时是110，我多打了个1

因为没给链接所以我不知道你看到的教程是什么，但这种表面体系在论坛里推荐的处理是VESTA切面建模、CP2K计算REPEAT电荷并自行补充到sobtop做的拓扑文件里面，像例8和例11的操作那样。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-27 08:24
认真把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里的描述和例子都仔细看一遍
sobtop自己不可能自动给你计算出原子电荷（除非是基于AT_assign.dat里的规则指认原子类型的时候自动根据此文件里的定义设置原子电荷）
Chimera跟当前问题没有任何联系

作者
Author: pye 时间: 2025-8-27 09:35

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-26 17:00
因为没给链接所以我不知道你看到的教程是什么，但这种表面体系在论坛里推荐的处理是VESTA切面建模、CP2K ...

好的，谢谢您的回复

作者
Author: pye 时间: 2025-8-27 09:36

sobereva 发表于 2025-8-27 08:24
认真把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里的描述和例子都仔细看一遍
sobtop自己不可能自动 ...

好的，谢谢您的回复

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