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标题: 如何添加盒子的边框线 [打印本页]

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-26 10:32
标题: 如何添加盒子的边框线
各位老师好，我在用packmol软件构建好.pdb的模型盒子后，将其导入VMD观察，发现盒子是没有边框线的，想问一下如何添加呢？之前在搜索问题的看到有老师回复在VMD中输入
pbc box -color black -width 1 -style dashed指令，但是我显示报错“Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?”
我是否遗漏了一个步骤？应该如何做呢 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: 方方方 时间: 2025-8-26 11:29
pbc box，会自动添加盒子信息

作者
Author: pal 时间: 2025-8-26 14:20
这是因为pdb里面没有包含盒子大小的信息，先要通过pbc set {x y z}添加盒子

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-26 14:38

pal 发表于 2025-8-26 14:20
这是因为pdb里面没有包含盒子大小的信息，先要通过pbc set {x y z}添加盒子

感谢回复，请问是要先在VMD中给这个pdb添加盒子信息吗，比如我的盒子是50*50*50的，是先输入指令pbc set {50 50 50}？
然后再输入pbc box -color black -width 1 -style dashed指令吗

作者
Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-26 14:41

pal 发表于 2025-8-26 14:20
这是因为pdb里面没有包含盒子大小的信息，先要通过pbc set {x y z}添加盒子

谢谢老师，已经成功添加上了

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