计算化学公社

标题: 求助： gmx_MMPBSA计算结果异常 [打印本页]

作者
Author: crush 时间: 2025-8-26 17:14
标题: 求助： gmx_MMPBSA计算结果异常
请问各位老师，蛋白-蛋白对接后，用gromacs模拟了100ns, 接着用gmx_MMPBSA计算了两个蛋白之间的结合自由能，但是结果中ΔEEL项是个很大的正值。这种情况正常吗？我以前在算蛋白-小分子结合能的时候这个ΔEEL都是负值。

（两个蛋白的结合区域是一个大loop环）
mmpbsa.in文件用的是官网的默认参数

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作者
Author: student0618 时间: 2025-8-27 01:20
先看轨迹，检查结合区域有什么残基。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-27 08:18
MMPBSA中的MM中的静电作用是基于原子电荷算的，检查作用区域的原子电荷是什么情况，都有什么显著带电荷的原子和残基侧链，通过原理考虑是怎么回事。还可以做残基的能量分解进一步考察

作者
Author: crush 时间: 2025-8-27 08:36

student0618 发表于 2025-8-27 01:20
先看轨迹，检查结合区域有什么残基。

好的，谢谢您~

作者
Author: crush 时间: 2025-8-27 08:37

sobereva 发表于 2025-8-27 08:18
MMPBSA中的MM中的静电作用是基于原子电荷算的，检查作用区域的原子电荷是什么情况，都有什么显著带电荷的原 ...

好的，谢谢老师

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