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标题: gmx rdf计算脂质分子质心的问题 [打印本页]

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-8-27 10:32
标题: gmx rdf计算脂质分子质心的问题
请教各位老师们，为什么我在计算脂质分子质心间的RDF的时候得到的数据在0-1nm范围内的数值很高，如图所示，我的目的是求取xy平面内脂质分子间的rdf，使用的命令是gmx rdf -f p1_md.xtc -s p1_md.tpr -o rdf.xvg -xy -ref "DSPC" -sel "DSPC" -seltype whole_mol_com，请问是哪里出现了问题吗？是需要将脂质分子按照1,2,3,4....分别建立一个组，还是我的命令或者ndx文件设置有问题？

感谢各位老师的解答！ (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-8-27 11:04
标题: gmx rdf计算质心的问题
请教各位老师，我在计算双层膜脂质分子间质心的rdf，希望计算上膜叶的rdf，通过将上膜叶的原子序号分为了一个组，因为上下膜叶的脂质分子的resname是相同的，所以我通过gmx rdf -f p1_md.xtc -s p1_md.tpr -o rdf.xvg -xy -n rdf.ndx -seltype whole_mol_com，然后选择参考和计算的都是上膜叶的组，以及-seltype whole_mol_com的方式，是否得到的就是上膜叶中各个脂质分子的质心的rdf？

谢谢各位老师的解答！

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