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标题: 氧化铝/水体系AIMD二次求助，铝基底形变、水向真空层扩散等问题 [打印本页]

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Author: yutongli2002 时间: 2025-8-27 20:55
标题: 氧化铝/水体系AIMD二次求助，铝基底形变、水向真空层扩散等问题
本帖最后由 yutongli2002 于 2025-8-27 20:55 编辑

各位老师好，之前发过帖子求助卢天老师为我解答了部分问题（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6&fromuid=68191），我做了一些修改与改进包括，现遇到了一些问题：
1、优化后的结构跑AIMD一段时间后，氧化铝基底的铝原子构型异常（底部一层AL O被固定了）（此时温度并不是太高，详见ener文件）；
2、水分子会向真空层逐渐扩散；我目前给定的真空层是16埃左右，请问这个还是偏小吗；
3、我期待看到一些水分子在氧化铝表面的裂解以及羟基化，文献中也有实现过类似内容，但是目前我还没看到出现这个现象是否是因为我模拟时间还是太短了；
4、为解决问题1 我是否可以把整个氧化铝均固定？

请各位老师赐教，以及如果有做过探究金属氧化物表面水的解离、羟基化、质子转移等过程的老师，想请教你们的计算过程

作者
Author: ljh123 时间: 2025-8-27 21:09
没什么问题，这是因为你原本建立的水层密度太大了。90摄氏度水密度按0.965算的话，你后期的水层厚度是合理的

作者
Author: yutongli2002 时间: 2025-8-27 21:50

ljh123 发表于 2025-8-27 21:09
没什么问题，这是因为你原本建立的水层密度太大了。90摄氏度水密度按0.965算的话，你后期的水层厚度是合理 ...

感谢您指正！我在轨迹中也观测到氧化铝表面一些不正确的构型（在附录文件中），您对这个问题有什么解释嘛

作者
Author: yutongli2002 时间: 2025-8-27 21:51

ljh123 发表于 2025-8-27 21:09
没什么问题，这是因为你原本建立的水层密度太大了。90摄氏度水密度按0.965算的话，你后期的水层厚度是合理 ...

我的账号也发了一个lammpsMD的求助帖子也是类似体系，麻烦您做过MD的话也一并看一下！

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-28 13:40
这是什么晶型的氧化铝的哪个晶面？虽然铝和氧的原子数符合计量比，但是接触水的上表面全是氧、暴露于真空的下表面全是铝感觉不太对，而且不连续的冻结原子编号也别扭。

在用OT算法的情况下&MIXING字段并不会生效，不知道为啥要特意往multiwfn生成的输入文件里贴这么一段。

此外，确认你想研究反应在360 K下足够有利、快速，以至于短短25 ps的AIMD模拟就能观察到对应变化么？如果无法确认，可能需要增强采样的手法。

作者
Author: yutongli2002 时间: 2025-8-28 16:46

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-28 13:40
这是什么晶型的氧化铝的哪个晶面？虽然铝和氧的原子数符合计量比，但是接触水的上表面全是氧、暴露于真空的 ...

感谢老师您指点！我做的是α氧化铝的C面，截取的O终端，想探究这个面的羟基接枝，但是出现了这个表面很奇怪的形变；mixing感谢您指正，这个是我的问题；第三个问题的话我确实目前计算时间较短（因为氧化铝表面构型很奇怪就停止了），我会再看一下文献；

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