计算化学公社

标题: 求助，如何解决在使用自行编译的mdp文件，在run后gpu无法调用的问题 [打印本页]

作者
Author: 我是猫猫大王 时间: 2025-8-28 08:45
标题: 求助，如何解决在使用自行编译的mdp文件，在run后gpu无法调用的问题
本帖最后由我是猫猫大王于 2025-8-28 15:42 编辑

更正：拟使用了一个经AI生成的mdp文件，目的为想要模拟剪切过程，改变了盒子的大小，选用了一个扁长的10 10 20 的盒子，在z轴施加变化，但是在运行期间无法调用gpu
我们也是第一次模拟这种施加剪切的情况，请问各位大神该类模拟有什么需要注意的地方吗或者有什么可以参照的例子

作者
Author: 含光君 时间: 2025-8-28 09:20
mdp文件不叫编译，而且这注释看着怎么一股AI味儿呢，

把问题格式改改好，不要求对齐至少一行一句吧，交代清楚报错是什么，这个排版叫人怎么看。

问之前自己调试调试，跑一个最简单的模拟看看能不能使用GPU, 能的话就是模拟设置问题，否则就是编译问题。

作者
Author: student0618 时间: 2025-8-28 10:30
问这种问题的时候最好给gmx 版本、gmx --version显示什么。

然后那个註解在加不必要的东西，是哪AI想避雷一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-28 11:01
整个帖子内容乱七八糟，一塌糊涂，提问内容不知所云，你自己不觉得看这个帖子极其费劲？
尽快重新编辑帖子，并且仔细阅读

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79（http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html）

mdp里的内容乱七八糟，如果你目前还是用AI产生mdp或者从可信度来路不明的地方抄mdp，建议趁早从头系统学一遍GROMACS，免得绕各种弯路、踩坑。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）对GROMACS的使用讲得极尽详细，给了面向各种问题的全面的例子

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-8-28 11:24
可以直接上传mdp文件，这样大家能直接下载了看，如果复制粘贴确实有点混乱

作者
Author: 我是猫猫大王 时间: 2025-8-28 15:46

樊樊樊发表于 2025-8-28 11:24
可以直接上传mdp文件，这样大家能直接下载了看，如果复制粘贴确实有点混乱

已经上传了确实是拿AI生成的，第一次弄没什么经验

作者
Author: 我是猫猫大王 时间: 2025-8-28 15:48

sobereva 发表于 2025-8-28 11:01
整个帖子内容乱七八糟，一塌糊涂，提问内容不知所云，你自己不觉得看这个帖子极其费劲？
尽快重新编辑帖子 ...

已经改正并重新上传了 sobereva老师不好意思

作者
Author: student0618 时间: 2025-8-28 18:42
本帖最后由 student0618 于 2025-8-28 18:57 编辑

gmx 版本？gmx --version？最好也有mdrun 的命令和mdrun时终端显示的内容。

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-9-1 09:21
感觉mdp没有太大问题，你可以试试在最后正式模拟的时候用命令把bond，PME这些放在GPU上面跑一下试试，还有一个就是按照楼上的说法随便跑个模拟试试

作者
Author: HNUST 时间: 2025-9-1 12:46
入门就不要用AI，你不知道对不对，强烈建议不要用AI，没有任何作用

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)