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标题: 求助：clustsize命令报错 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-8-28 10:51
标题: 求助：clustsize命令报错
老师好，我的体系是有机溶质在水中自组装进而形成胶束/凝胶/浊液，我想利用gmx clustsize命令查看溶质分子在水中的聚集情况，但在我输入gmx clustsize -f XXX.xtc -s XXX.tpr -mol后，就会报错。我想请教一下：
1.输入命令后报错的原因可能是什么？
2.我直接输入这个命令统计的是溶质分子的聚集情况？还是水分子的聚集？这个分子归簇要怎么指定目标分子？
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-28 11:09
结合索引文件，指定只对溶质组统计

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Author: oillio 时间: 2025-8-28 15:23

sobereva 发表于 2025-8-28 11:09
结合索引文件，指定只对溶质组统计

老师那这样是不是就是原子归簇了？cutoff还能使用默认值吗？

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Author: sobereva 时间: 2025-8-29 06:02

oillio 发表于 2025-8-28 15:23
老师那这样是不是就是原子归簇了？cutoff还能使用默认值吗？

加上-mol就完了

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