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标题: 如何生成蛋白辅因子6-羟基FAD和NADP的拓扑文件？ [打印本页]

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Author: liuweb 时间: 2025-8-29 12:19
标题: 如何生成蛋白辅因子6-羟基FAD和NADP的拓扑文件？
本帖最后由 liuweb 于 2025-8-29 18:22 编辑

如题，我下载的蛋白PDB文件中存在6-羟基FAD和NADP这两个辅因子，蛋白部分用论坛中分享的Amber19sb力场可以生成topol文件，但是这两个辅因子我不知道该怎么处理比较合适。是否可以直接从PDB数据库下载辅因子的mol2文件之后，用sobtop来进行处理？原子电荷使用sob老师的脚本计算RESP电荷？
另外，查到Amber官网AMBER parameter database (Bryce Group: Computational Biophysics and Drug Design - University of Manchester)有NADP，如下：

NADP(+)

PREP

NADP(+)

这些文件是否可以使用？PREP和FRCMOD点进去之后都是一些文本，我该如何下载使用？求大佬解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-29 17:40
没有叫soptop的东西
直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）当成普通小分子产生拓扑文件就完了，GAFF力场结合RESP电荷

作者
Author: liuweb 时间: 2025-8-29 18:24

sobereva 发表于 2025-8-29 17:40
没有叫soptop的东西
直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）当成普通小分子产生拓扑文件就完了 ...

已修改，感谢老师解答！

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