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标题: sobEDA.sh遇见报错 [打印本页]

作者
Author: luoxuping 时间: 2025-8-29 14:16
标题: sobEDA.sh遇见报错
Linux目录下有以下文件template.gjf，fragment.txt，sobEDA.sh，system.xyz
机子中有Gaussian16和gaussian09两个
.bashrc中的gaussian路径的g09的，因为平时都是用g09算东西，
因为sobEDA.sh要使用g16所以在sobEDA.sh加入了以下三行

export GAUSS_EXEDIR="/home/mcpe/apps/gau_lin_64/g16c02"
export PATH="/home/mcpe/apps/gau_lin_64/g16c02":$PATH
export GAUSS_SCRDIR="~/tmp/sobeda_1"
最后在xshell中输入./sobEDA.sh |tee result.txt
发现报错如下
Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-49,67-76
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
./sobEDA.sh: line 127: 44145 Aborted (core dumped) $gau < fragment$i.gjf &>fragment$i.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

这是为什么

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-29 17:05
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

按照文中的“sobEDA.sh运行中途出错或结果明显异常怎么办？”部分所述依次排查

作者
Author: luoxuping 时间: 2025-8-30 13:56
好的好的

作者
Author: 洛洛 时间: 2026-3-16 17:18
想问楼主问题怎么解决的，俺也遇到了

我也是似乎一分完片段就报错了，终端里显示：
Number of fragments: 2

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-40
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

然后,out文件里显示：
FIO/stdio: No such file or directory
FIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /data/123/Gau-168638.inp
In source file ml0.f, at line number 197

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