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标题: 用cp2k对C4AF晶体进行AIMD模拟是否可行 [打印本页]

作者
Author: zaq1 时间: 2025-9-3 20:59
标题: 用cp2k对C4AF晶体进行AIMD模拟是否可行
本帖最后由 zaq1 于 2025-9-5 08:39 编辑

各位老师好，我想用cp2k对C4AF跑AIMD模拟，已经用cp2k对晶体优化过了，用multiwfn生成inp文件，用linux系统下32核数试跑了几天，结果发现速度非常慢，是不是对于含有金属元素的晶体不适合用这个方法进行模拟，还是我的晶胞或者输入文件中的某些参数用的不合理呢，如果是方法不对应该用什么呢，以下附上我扩胞切面优化后的晶体文件以及输入文件，谢谢大家，有没有老师能解答一下呢

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作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-3 21:12
cp2k为什么会不能模拟含有金属的晶体？？
而且我打开你的cif里面全是水，你的cif真的对吗？

作者
Author: zaq1 时间: 2025-9-3 21:23

KazusaT 发表于 2025-9-3 21:12
cp2k为什么会不能模拟含有金属的晶体？？
而且我打开你的cif里面全是水，你的cif真的对吗？

你好，我做的是C4AF在碱性溶液下的反应，所以cif文件是包含了C4AF基体以及碱性溶液的，是有什么不合理的地方吗，按理说是能够模拟的，但是速度比较慢（还是在我把下层固定的情况下），我在想是不是某些参数设置不合理需要修改

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-3 22:58

zaq1 发表于 2025-9-3 21:23
你好，我做的是C4AF在碱性溶液下的反应，所以cif文件是包含了C4AF基体以及碱性溶液的，是有什么不合理的 ...

可能是VESTA没有正确载入，我没有看到金属
cp2k模拟这种体系没有什么问题，速度慢是指什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 08:24
不要简单地说“慢”，谁也不知道具体是多慢，平均每一步耗时多少，是真的由于设定不当而慢、SCF难收敛而慢，还是本来你对耗时的期望就是错的
描述问题必须精确、严谨，认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

注意监控SCF情况
当前k点没必要那么多，可以适当减小

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Author: zaq1 时间: 2025-9-4 08:25

KazusaT 发表于 2025-9-3 22:58
可能是VESTA没有正确载入，我没有看到金属
cp2k模拟这种体系没有什么问题，速度慢是指什么？

我说的金属元素指的是Fe原子，就是速度很慢，跑了一两个周0.5ps还没有，我也不太清楚哪里出了问题，还是本身就是模拟速度慢

作者
Author: zaq1 时间: 2025-9-4 09:15
本帖最后由 zaq1 于 2025-9-4 09:17 编辑

sobereva 发表于 2025-9-4 08:24
不要简单地说“慢”，谁也不知道具体是多慢，平均每一步耗时多少，是真的由于设定不当而慢、SCF难收敛而慢 ...

好的老师，关于速度慢我已经回答了，以后会注意这个问题，还有一个问题想请教老师，除了K点不应该设置那么大之外其他的设置有问题嘛，因为K点对速度的影响也不太清楚，K点我设置2 1 1合理嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 19:17

zaq1 发表于 2025-9-4 09:15
好的老师，关于速度慢我已经回答了，以后会注意这个问题，还有一个问题想请教老师，除了K点不应该设置那 ...

用1 2 1
其它没有太明显的影响耗时的问题。稍微降降REL_CUTOFF也可以考虑

“跑了一两个周0.5ps” 这种描述过于粗糙。应当看平均MD每一步耗时多少、SCF每轮耗时多少、平均每步多少轮SCF能收敛，这才是真正的关键信息

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Author: zaq1 时间: 2025-9-5 08:37
本帖最后由 zaq1 于 2025-9-5 08:39 编辑

sobereva 发表于 2025-9-4 19:17
用1 2 1
其它没有太明显的影响耗时的问题。稍微降降REL_CUTOFF也可以考虑

老师我昨天把这两个设置修改了之后重新运行，生成的out文件您看一下，速度还是比较慢，但比之前有所提高，inp文件其他设置合理情况下，是因为晶体本身含有金属元素才导致比较慢还是我晶体本身有问题呢，感谢老师回答
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Author: sobereva 时间: 2025-9-5 11:39

zaq1 发表于 2025-9-5 08:37
老师我昨天把这两个设置修改了之后重新运行，生成的out文件您看一下，速度还是比较慢，但比之前有所提高 ...

明显MD每一步所需SCF圈数太多
反复调整、测试SCF收敛方案，达到又能收敛到足够的精度，计算效率又较理想
只给出MD前几步的信息意义不大。由于ASPC，MD通常几十步后比初期SCF容易收敛得多
下文该说的都说了
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

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Author: zaq1 时间: 2025-9-5 13:54

sobereva 发表于 2025-9-5 11:39
明显MD每一步所需SCF圈数太多
反复调整、测试SCF收敛方案，达到又能收敛到足够的精度，计算效率又较理想 ...

好的老师，我再继续调整，另外就是晶体是没有问题的吧，因为我不确定是不是我前面晶体优化部分没做好才有这样的问题

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