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标题: 自由度是如何计算的 [打印本页]

作者
Author: songsong 时间: 2017-4-11 02:31
标题: 自由度是如何计算的
本帖最后由 songsong 于 2017-4-11 02:33 编辑

运行namd-tutorial 1-2-sphere, 得到.log文件

Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 6682 ATOMS
Info: 4871 BONDS
Info: 4074 ANGLES
Info: 3293 DIHEDRALS
Info: 204 IMPROPERS
Info: 74 CROSSTERMS
Info: 0 EXCLUSIONS
Info: 6080 RIGID BONDS
Info: 13966 DEGREES OF FREEDOM

搞不明白其中的自由度是如何计算的，按照3N（3*Atoms）应该是20046，
请教各位老师，蛋白质的自由度是用什么公式计算的。

谢谢

作者
Author: niobium 时间: 2017-4-11 02:36
里面有6080个rigid bonds，6682＊3－6080＝13966

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-11 09:34
计算自由度时候要把被约束的几何变量去掉

作者
Author: songsong 时间: 2017-4-11 18:09
谢谢两位老师的指点

作者
Author: songsong 时间: 2021-11-3 17:05

sobereva 发表于 2017-4-11 09:34
计算自由度时候要把被约束的几何变量去掉

请问sob老师，有哪个程序能直接计算出大分子的自由度吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:35

songsong 发表于 2021-11-3 17:05
请问sob老师，有哪个程序能直接计算出大分子的自由度吗？

3*N-Nc-6，手算就完了
N是原子数，Nc是模拟过程中被约束的变量数（诸如约束一个键的键长不变，Nc就加1）。没有任何约束就是3*N-6，即内坐标的数目。

作者
Author: songsong 时间: 2021-11-5 15:46
谢谢sob老师

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