计算化学公社

标题: 请教VMD边框显示的问题 [打印本页]

作者
Author: shiyuyang 时间: 2025-8-30 22:47
标题: 请教VMD边框显示的问题
我从lammps得到的.xyz模型导入到VDM，边框加不上报错。
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pbc box -color red -width 5ERROR) Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?

若是用.cub文件导入到VDM中，边框又出现偏移，请问是怎么回事呢？
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作者
Author: liuyuje714 时间: 2025-8-30 23:01
本帖最后由 liuyuje714 于 2025-8-30 23:03 编辑

多此一举，直接lammps输出custom样式的.lammpstrj轨迹用vmd读就行了，包含了盒子信息。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-30 23:04
我记得LAMMPS导出轨迹文件并检查盒子信息的问题已经在你前一帖http://bbs.keinsci.com/thread-54542-1-1.html回答了，现在怎么又开始问呢，是我在那帖里说的哪一句没讲清楚吗，还是你有什么新的操作需要？

xyz文件第二行是注释，extxyz能比xyz多记录盒子信息就是靠的注释行记录额外信息，但是VMD并不会读取利用。经过multiwfn转换cube文件更是意义不明。

作者
Author: shiyuyang 时间: 2025-8-31 17:14
本帖最后由 shiyuyang 于 2025-8-31 17:16 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-30 23:04
我记得LAMMPS导出轨迹文件并检查盒子信息的问题已经在你前一帖http://bbs.keinsci.com/thread-54542-1-1.ht ...

你好，感谢您的回答。1. 我是用社长的这篇帖子计算孔隙率，导出.cub格式到VMD中发现了边框偏移的问题使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 - 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) - 计算化学公社
2. dump dump1 all custom 100 traj.lammpstrj id element xu yu zu
dump_modify dump1 sort id element C C C S C C O N O C S C C C C O N N S S H H H H O H O
输出.lammpstrj文件打开原子都在边框外，请问怎么设置到边框里面呢 (, 下载次数 Times of downloads: 0) 。
3. 轨迹比较多，文件比较大，想只导出一帧用来绘图，请问怎么保存呢 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，若使用ovito保存成lammpstrj就没有元素，VMD中用Name、Type、Element也改不动颜色 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

我的预期：1. 轨迹文件在VMD中正常显示（可更改颜色、正确显示边框及边界框住原子）
2. 在Multiwfn中跑的.cub文件在VMD中边框也显示正确
3. 由于我在lammps跑的步数较多，期望能够导出某一帧在VMD显示，附上我的.lammpstrj文件，麻烦帮看看

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-9-1 12:45

shiyuyang 发表于 2025-8-31 17:14
你好，感谢您的回答。1. 我是用社长的这篇帖子计算孔隙率，导出.cub格式到VMD中发现了边框偏移的问题使用 ...

提问时总应该把“按某某方法做某某分析”的大前提/目的说清楚。
我在前一帖给你写了dump custom指令的模板后，如果你去看了lammps的dump command文档，就会知道xu，yu，zu表示unwrapped的原子笛卡尔坐标，自然可能看起来在盒子外，如果要等价的wrap回盒子内的笛卡尔坐标得用普通的x，y，z表示。从dump custom（结合dump_modify修改元素类型）导出的traj.lammpstrj不需要任何多余额外操作就能载入VMD并显示周期性边界条件的盒子、按元素种类着色的原子。
对于选轨迹中的一帧并用multiwfn计算并图形化展示体系孔洞（并不直接“算孔隙率”）的目的，原帖里也说了能用什么含盒子信息的结构文件，比如把上面的traj.lammpstrj载入VMD以后随便选一帧顺眼的结构再保存为pdb文件。

作者
Author: shiyuyang 时间: 2025-9-1 19:26

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-9-1 12:45
提问时总应该把“按某某方法做某某分析”的大前提/目的说清楚。
我在前一帖给你写了dump custom指令的模 ...

你好，我在lammps用的ppp周期性跑的，用x y z绝对坐标可能不太行 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，还是得ux uy uz/ix iy iz (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，我想得到这种晶格显示方法，请问VMD有相关设置吗 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-9-1 20:24

shiyuyang 发表于 2025-9-1 19:26
你好，我在lammps用的ppp周期性跑的，用x y z绝对坐标可能不太行，还是得ux uy uz/ix iy iz，我想得到这 ...

跨越盒子成键的问题，在论坛里搜“VMD 胡乱”有很多讨论与解法。VMD还有个pbc wrap指令，不会用的话也去搜过往讨论帖看。

作者
Author: shiyuyang 时间: 2025-9-1 21:07

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-9-1 20:24
跨越盒子成键的问题，在论坛里搜“VMD 胡乱”有很多讨论与解法。VMD还有个pbc wrap指令，不会用的话也去 ...

谢谢好心人，感谢给思路！

作者
Author: shiyuyang 时间: 2025-9-16 15:31
本帖最后由 shiyuyang 于 2025-9-17 16:48 编辑

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