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标题: 含有铜离子的蛋白质和含有Zn离子的蛋白质进行蛋白配体的动力学模拟时的力场问题 [打印本页]

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Author: 志同道合 时间: 2025-8-31 17:54
标题: 含有铜离子的蛋白质和含有Zn离子的蛋白质进行蛋白配体的动力学模拟时的力场问题
本帖最后由志同道合于 2025-8-31 17:56 编辑

我想要做蛋白-配体的分子动力学模拟，我的其中一个蛋白质里面含有两个Cu离子，另一个蛋白质里面含有两个锌离子，蛋白质我想要选用的是charmm36力场。请问可以进行分子动力学模拟吗？选用该力场时我的Cu离子和ZN离子应该怎么解决呢？

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-8-31 22:14
可以看看这个帖子，也许有帮助
http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-1 00:06
力场中已经有相关离子的文件，一般直接使用就足够。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-1 07:19
用AMBER14SB或19SB，力场目录下的ions.itp自带了Zn2+的定义；离子部分也可以改用与之完全兼容的Merz的离子力场，Zn2+和Cu+都定义了

作者
Author: 志同道合 时间: 2025-9-3 22:11
本帖最后由志同道合于 2025-9-5 16:42 编辑

sobereva 发表于 2025-9-1 07:19
用AMBER14SB或19SB，力场目录下的ions.itp自带了Zn2+的定义；离子部分也可以改用与之完全兼容的Merz的离子 ...

老师我用了AMBER19SB力场，力场目录下的ions.itp也添加了了Cu2+的定义,为什么还是会报错呢？应该怎么解决这个问题呢？我怀疑时rtp文件中没有Cu的定义的问题，可是该怎么解决呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-4 00:25

志同道合发表于 2025-9-3 22:11
老师我用了AMBER19SB力场，力场目录下的ions.itp也添加了了Cu2+的定义,为什么还是会报错呢？应该怎么解决 ...

确保体系拓朴有include 正确的ions.itp。

作者
Author: tptp 时间: 2025-9-4 01:41
我不知道你做的是否是酪氨酸酶这个蛋白，如果是的话，需要基于sobtop去生成铜离子与周围N原子配位键的参数，然后添加配位键才能正常做下去，否则即使你做出来了，铜离子会乱飞，那就是氯化铜溶液了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 07:40

志同道合发表于 2025-9-3 22:11
老师我用了AMBER19SB力场，力场目录下的ions.itp也添加了了Cu2+的定义,为什么还是会报错呢？应该怎么解决 ...

上传图片方式不对，仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确上传图片

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Author: 志同道合 时间: 2025-9-4 10:11

tptp 发表于 2025-9-4 01:41
我不知道你做的是否是酪氨酸酶这个蛋白，如果是的话，需要基于sobtop去生成铜离子与周围N原子配位键的参数 ...

是的，请问用sobtop具体应该怎么操作呢？

作者
Author: 志同道合 时间: 2025-9-4 11:05

sobereva 发表于 2025-9-4 07:40
上传图片方式不对，仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确上传图片

老师我已经把图片按照正确的方式成功上传了

作者
Author: tptp 时间: 2025-9-4 13:09

志同道合发表于 2025-9-4 10:11
是的，请问用sobtop具体应该怎么操作呢？

http://sobereva.com/635，这个

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