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标题: 求助CP2K计算时核数用多了中途会卡住 [打印本页]

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Author: supersrh 时间: 2025-8-31 22:34
标题: 求助CP2K计算时核数用多了中途会卡住
本帖最后由 supersrh 于 2025-9-1 15:11 编辑

最近在做一些GEO_OPT或者CELL_OPT时，时不时会遇到以下情形：
在若干次优化后，out文件输出EXTRAPOLATION METHOD：initial_guess 之后就不动了，用top命令检查cpu发现cpu都在跑cp2k.psmp程序，这种状态会一直持续下去。用scancel命令杀掉任务后，再次提交（把.inp文件改为.restart），计算是可以继续的。然后经过几次优化循环后可能又会卡住，必须手动杀掉任务再提交restart。小的胞算得快，可以人工盯着，大的胞就有点无能为力了。
经过测试发现这种卡住的情况和sbatch任务提交是的核数n有关系，刚刚测了一个任务是n为80时会不停出现卡住，但是可以人工杀任务重启使计算全部结束。而n调成72，64时，出现cpassert failed，无法继续计算。而把n调成60，程序能全部顺利跑完，没有出现卡住的情况。这个n到底该取多少也是很玄学。
有没有大神能够给解答一下。是否可以从根源上解决这个问题，如果不行的话是否可以用一个监控程序自动杀掉任务提交restart

根据下面老师的回答做了一些测试，无论改成popt模式，还是定义OMP_NUM_THREADS，还是没有解决问题。
附上inp文件
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

sbatch提交脚本如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -n 80
#SBATCH -N 1

export OMP_NUM_THREADS=1

module load CP2K/2024.1-gnu

mpirun cp2k.psmp Usupercelltest.inp > Usupercelltest.out 2> Usupercelltest.err

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-9-1 00:54
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-9-1 00:56 编辑

正常来说应该是首选cp2k的popt版本才对。只有内存吃紧，或者需要用DFT-D4这种特定的并行方式特殊的功能的时候才有考虑psmp版本。
确保正确设置了psmp版本的并行线程和进程数。线程数*进程数需要小于等于任务可以用的核数。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-1 07:04
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-1 07:25
用psmp版最常犯的错误是不知道要设OMP_NUM_THREADS

作者
Author: supersrh 时间: 2025-9-1 12:42

sobereva 发表于 2025-9-1 07:04
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。 ...

好的老师

作者
Author: supersrh 时间: 2025-9-1 12:44

Stardust0831 发表于 2025-9-1 00:54
正常来说应该是首选cp2k的popt版本才对。只有内存吃紧，或者需要用DFT-D4这种特定的并行方式特殊的功能的时 ...

谢谢，装机的人给我的sbatch例子里就用的psmp，以前没注意过psmp和popt的差别，我再多尝试下

作者
Author: supersrh 时间: 2025-9-1 12:45

sobereva 发表于 2025-9-1 07:25
用psmp版最常犯的错误是不知道要设OMP_NUM_THREADS

好的老师，我再试一下

作者
Author: supersrh 时间: 2025-9-1 15:11

sobereva 发表于 2025-9-1 07:25
用psmp版最常犯的错误是不知道要设OMP_NUM_THREADS

老师，我上传了inp文件和sbatch的提交脚本，能再看看吗？

作者
Author: reid 时间: 2025-9-1 16:18
请问你解决了没有？我是近一周才碰上这个问题，原来没事的。

作者
Author: 徐帅气 时间: 2025-9-2 09:10
我之前跑第一性原理培训班的石墨晶胞优化的时候也遇到这个问题，按照卢天老师的PPT一条条的尝试，调参数什么的都没用，每次续算比起VASP又太麻烦，本不该这样嘛。最后请超算的工程师给我了所有版本的cp2k调用脚本，试了一圈发现9.1版本的cp2k能完整跑完整个案例了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 09:27

supersrh 发表于 2025-9-1 15:11
老师，我上传了inp文件和sbatch的提交脚本，能再看看吗？

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里面我专门讲了
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

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Author: supersrh 时间: 2025-9-7 19:52

reid 发表于 2025-9-1 16:18
请问你解决了没有？我是近一周才碰上这个问题，原来没事的。

我测试了好多参数，然后还和一个朋友讨论了，目前只知道降低核数可以避免

作者
Author: supersrh 时间: 2025-9-7 19:54

sobereva 发表于 2025-9-2 09:27
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里面我专门讲了

一定要找个时间来北京参加一下培训。其实这俩年都关注了，年初的班的时间我们都开学上课了来不了

作者
Author: supersrh 时间: 2025-9-7 19:56

reid 发表于 2025-9-1 16:18
请问你解决了没有？我是近一周才碰上这个问题，原来没事的。

我也是最近遇到这个问题，我是在类似的结构的胞，但是元素变得更复杂的时候遇到的

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