计算化学公社

标题: 使用Gaussian+Multiwfn分析金属笼+客体分子相互作用的计算级别问题 [打印本页]

作者
Author: 1739140886 时间: 2025-9-1 20:34
标题: 使用Gaussian+Multiwfn分析金属笼+客体分子相互作用的计算级别问题
各位老师好，我想分析含Pd(+2)金属笼结合有机分子的相互作用，例如通过IGMH可视化相互作用区域、使用能量分解手段得到不同弱相互作用的能量大小、计算相互作用能。
其中金属笼仅金属中心带电，配体均为中性，约250原子，客体原子数约50~100。
分子结构从单晶中获取，因此需要结构优化——高精度单点计算——后分析三个步骤。
由于极少接触有关金属体系的DFT计算，现在想使用Gaussian对该体系进行计算（有些理由会优先使用Gaussian）。
想请教各位老师，优化使用PBE0-D3(BJ)+def-TZVP(对主族元素)+SDD(对过渡金属)，单点时使用PBE0-D3+def2-TZVP是否合理？有读过帖子发现泛函wB97X-V更好，但是Gaussian无法使用，故选择了PBE0。

作者
Author: LUOJIA 时间: 2025-9-2 10:28
https://doi.org/10.1038/s41467-023-36711-w 这篇文献(SI)有算过渡金属，你可以看下他的方法

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 10:36
非常合理
注意单点也要用BJ阻尼的D3

作者
Author: 1739140886 时间: 2025-9-2 10:36

LUOJIA 发表于 2025-9-2 10:28
https://doi.org/10.1038/s41467-023-36711-w 这篇文献(SI)有算过渡金属，你可以看下他的方法

感谢，文章也是用的PBE0-D3(BJ)+def2-TZVP

作者
Author: 1739140886 时间: 2025-9-2 10:50

sobereva 发表于 2025-9-2 10:36
非常合理
注意单点也要用BJ阻尼的D3

感谢sob老师提醒

作者
Author: 1739140886 时间: 2025-9-2 19:40
本帖最后由 1739140886 于 2025-9-2 19:44 编辑

sobereva 发表于 2025-9-2 10:36
非常合理
注意单点也要用BJ阻尼的D3

还想请教sob老师，由于需要计算的批量比较大（大约有100组结构需要计算），我在PBE0-D3(BJ)+def-TZVP(对主族元素)+SDD(对过渡金属)的级别下进行计算发现单体系一步SCF大约就需要1h左右，时间上成本太高。目前准备先通过GFN2-xTB预优化再进行DFT级别的几何优化+单点计算。
请问如果仍选择Gaussian的话（因为还想基于sobEDA做能量分解），还有性价比更高的泛函+基组选择吗？
比如优化尝试PBE0-D3(BJ)+def2-SVP，单点从def2-TZVP有点不太确定降到什么基组合适

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-3 10:34

1739140886 发表于 2025-9-2 19:40
还想请教sob老师，由于需要计算的批量比较大（大约有100组结构需要计算），我在PBE0-D3(BJ)+def-TZVP(对 ...

单点时可以改用def2-TZVP(-f)，误差增加不多，耗时降低很多，看下文里的表格中不同基组算弱相互作用的误差对比

使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

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