计算化学公社

标题: 计算磷化物上面负载PTFE有机分子和水溶液时，能量最小化报错 [打印本页]

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-1 22:45
标题: 计算磷化物上面负载PTFE有机分子和水溶液时，能量最小化报错
各位老师，我在计算一个磷化物上面负载PTFE有机分子和水溶液的MD的时候，用sobtop来生成磷化物上面负载PTFE有机分子的itp，并进行能量最小化的时候，显示 In moleculetype 'CoNiP-PTFE' 272 atoms are not bound by a potential or constraint to any other atom in the same moleculetype. 不知道该怎么改，是用sobtop生成的itp不对吗？我附上了我的itp文件

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-1 23:04
你的附件没有传上来
你是不是把CoNiP和PTFE一起传给sobtop了？如果你的负载是非共价的，应该单独构建两者的itp；如果负载是共价的就检查一下itp文件中哪些原子没有成键项

作者
Author: 54687 时间: 2025-9-2 00:34
GROMACS你应该发到“分子模拟”的板块

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 09:01
这是我的itp和pdb文件通过网盘分享的文件：CoNiP-PTFE.itp 链接: [url]https://pan.baidu.com/s/1A5-Ptew8sep_nfti9kwV2w?pwd=jqqz 提取码: jqqz --来自百度网盘超级会员v1的分享[/url]

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 09:01

54687 发表于 2025-9-2 00:34
GROMACS你应该发到“分子模拟”的板块

在哪修改啊？我不太会修改

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 09:03

KazusaT 发表于 2025-9-1 23:04
你的附件没有传上来
你是不是把CoNiP和PTFE一起传给sobtop了？如果你的负载是非共价的，应该单独构建两者 ...

我把他两是放在一个体系里的，一起生成的itp文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 10:28

dnzjw 发表于 2025-9-2 09:01
在哪修改啊？我不太会修改

发帖的时候看清楚板块再发贴，避免扰乱论坛秩序。这次给你移动了，以后注意！

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “gromacs求助帖›” 改了，以后务必注意！

好好把置顶的社员必读贴认真看一遍再发帖。下次再这样严重违规直接删帖扣分处理

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 10:32

dnzjw 发表于 2025-9-2 09:03
我把他两是放在一个体系里的，一起生成的itp文件

认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 11:01

sobereva 发表于 2025-9-2 10:28
发帖的时候看清楚板块再发贴，避免扰乱论坛秩序。这次给你移动了，以后注意！

如置顶的新社员必读贴、 ...

好的，谢谢sob老师，我下次一定注意

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 11:04

sobereva 发表于 2025-9-2 10:32
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4

老师，我不太明白，我的体系是CoNiP-PTFE,那我要分别算Co,Ni,P,PTFE的itp吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 11:09

dnzjw 发表于 2025-9-2 11:04
老师，我不太明白，我的体系是CoNiP-PTFE,那我要分别算Co,Ni,P,PTFE的itp吗？

单个PTFE分子单独产生拓扑文件，整个slab单独产生拓扑文件。这就是所有需要的了

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 11:12

sobereva 发表于 2025-9-2 11:09
单个PTFE分子单独产生拓扑文件，整个slab单独产生拓扑文件。这就是所有需要的了

老师，但是我的PTFE在CoNiP表面负载的，而且是在一个pdb文件里，这样能分开生成itp吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 11:28

dnzjw 发表于 2025-9-2 11:12
老师，但是我的PTFE在CoNiP表面负载的，而且是在一个pdb文件里，这样能分开生成itp吗？

把结构文件分开，分别产生拓扑文件

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-2 14:43

sobereva 发表于 2025-9-2 11:28
把结构文件分开，分别产生拓扑文件

The largest distance between excluded atoms is 3.923 nm between atom 369
  and 429, which is larger than the cut-off distance. This will lead to
  missing long-range corrections in the forces and energies. If you expect
  that minimization will bring such distances within the cut-off, you can
  ignore this warning.老师，我分开后报这个错了，我是生成的时候用的是总的CoNiP-PTFE.pdb,itp分别用的是CoNiP和PTFE

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-2 15:32

dnzjw 发表于 2025-9-2 14:43
The largest distance between excluded atoms is 3.923 nm between atom 369
and 429, which is larg ...

大概率是拓扑文件有问题，在top文件里仔细看看这两个原子有关的项并且仔细检查结构

作者
Author: dnzjw 时间: 2025-9-3 10:54

KazusaT 发表于 2025-9-2 15:32
大概率是拓扑文件有问题，在top文件里仔细看看这两个原子有关的项并且仔细检查结构

好的，谢谢，我检查下

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