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标题: 能量最小化错误 [打印本页]

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浅原问问    时间: 2017-4-11 18:46
标题: 能量最小化错误
各位老师好,我生成了top文件和gro文件之后做能量最小化,发现没有生成em.log, em.tpr,em.gro这些正常的输出,只有一个output文件,里面是这样的错误提示,说是top文件名不存在或者对不上,但我检查top文件没有发现什么问题。重新又生成一遍还是这样,请问各位老师这个该怎么解决?辛苦老师了,非常非常感谢!



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wbn    时间: 2017-4-12 01:07
报错原因是在你的topol.top文件里[ atomtypes ]里面设置的原子质量都是0. “top文件名不存在或者对不上” 这句话的意思是topol.tpr 文件不存在,而grompp这步就出错了所以没法生成topol.tpr
作者
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浅原问问    时间: 2017-4-12 09:41
wbn 发表于 2017-4-12 01:07
报错原因是在你的topol.top文件里[ atomtypes ]里面设置的原子质量都是0. “top文件名不存在或者对不上”  ...

谢谢老师!可是我翻了翻以前做成功的动力学,发现成功的top里面[ atomtypes ]里的原子质量和charge也都是0.我觉得是不是还有别的原因?
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sobereva    时间: 2017-4-12 10:59
[ atomtypes ]里可以不设电荷和质量,但是你在[ atoms ]里得设,你的这部分对B都没定义质量(都是0)
14145    B   577   BF4    B1 14145     0.980064      0.00000 ; qtot 448.979
请注意上传文本类型的大文件前(如你当前的top)一定要压缩,以节约论坛空间和减少下载耗时
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浅原问问    时间: 2017-4-12 15:23
sobereva 发表于 2017-4-12 10:59
[ atomtypes ]里可以不设电荷和质量,但是你在[ atoms ]里得设,你的这部分对B都没定义质量(都是0)
1414 ...

哦。。。我明白了老师。谢谢您!可是我做的步骤跟以前完全相同啊,怎么会出现这种情况呢?那我需要手动把所有的B的质量添加上去吗?
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sobereva    时间: 2017-4-12 18:17
浅原问问 发表于 2017-4-12 15:23
哦。。。我明白了老师。谢谢您!可是我做的步骤跟以前完全相同啊,怎么会出现这种情况呢?那我需要手动把 ...


必须得添,原子哪能没有质量
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wbn    时间: 2017-4-13 03:50
浅原问问 发表于 2017-4-12 09:41
谢谢老师!可是我翻了翻以前做成功的动力学,发现成功的top里面[ atomtypes ]里的原子质量和charge也都是 ...

你整个topol.top 文件都乱七八糟的,你的文件里有几百上千个一模一样的离子对,可是你居然将它们的topology一个个全写了出来,你只需要写一个然后在[ molecules ] 里定义你的分子数就行了,这样既方便又不容易出错。我不知道你的参数是哪儿来的,B原子除了没有质量,也没有范德华参数。整个anion部分只有原子,没有键长,键角参数。vdw参数里面有些和amber,opls-aa一样,但有些不一样。这个topology即使通过了grompp,也不可能做出有意义的结果。

我所有的topology文件都是我自己手写的,或者用我手写的代码生成的。对于这种小分子体系,topology里一些微小的变化都可能影响结果。分子的键长,键角要和实验晶体结构以及高精度的量化计算结果比对。所有的力场参数都要从一个力场中来,如果要从别的力场中找的话,要确定两个力场是compatible and transferable的。提交之前要反复检查有没有缺失错漏。

看起来你既弄不清楚top文件里每一项的含义,也不会看grompp的出错提示,所以我建议你先停下来好好读一下manual. 你至少得把gromacs学会了才能用它做出有意义的研究。
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xxzj    时间: 2021-6-21 18:35
本帖最后由 xxzj 于 2021-6-21 18:37 编辑
sobereva 发表于 2017-4-12 18:17
必须得添,原子哪能没有质量

老师,我进行能量最小化时出现了下面的错误,但是从top文件中没有发现问题,所以想让老师帮着看一下,是哪里出现问题了?
Fatal error:
Step 0: The total potential energy is -nan, which is not finite. The LJ and
electrostatic contributions to the energy are 34218.9 and 0, respectively. A
non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.







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