计算化学公社

标题: 购机配置与软件版本如何搭配 [打印本页]

作者
Author: houping 时间: 2025-9-2 11:12
标题: 购机配置与软件版本如何搭配
看了ls的这个购机配置链接http://sobereva.com/444，计划按文中如下这个配置来购机。计划安装单一系统Ubuntu 22.04.3 LTS，那么，该选择哪个版本的gromaxs软件合适呢GPU加速做分子动力学的推荐配置
极高性能分子动力学服务器推荐配置
CPU：AMD Ryzen 9 9950X（16核，散片，集显）
主板：技嘉B650M AORUS ELITE 小雕
CPU、主板套装价约4850
散热器：酷冷至尊暴雪T620S  170
硬盘：希捷银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1430
显卡：技嘉RTX5090 D v2 魔鹰OC 17000
内存：2*金士顿FURY 32GB DDR5-5600  2*680
电源：先马XP1200 700
机箱：先马黑洞PRO 250
键盘鼠标：罗技MK200 有线键鼠套装  80
总价：约27300

作者
Author: liuyuje714 时间: 2025-9-2 11:24
2024或者2025系列，尤其是2024.6或者最新2025.3，2024系列只有这个版本支持RTX50系列显卡，记得CUDA一定要安装大于等于12.8的版本。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-2 11:27
那叫gromacs

作者
Author: houping 时间: 2025-9-2 12:30

sobereva 发表于 2025-9-2 11:27
那叫gromacs

赞，严谨

作者
Author: abin 时间: 2025-9-2 12:54
让商家送一个价值200元的硬盘, 单独用作系统盘吧.
以免因为系统高挂了, 安装系统的时候, 把自己数据搞没有了.

A硬盘只用来做系统
B硬盘只用来做用户数据,

在安装系统的时候, 如果没啥概念, 可以把机械硬盘的数据线/电源线拔掉.

作者
Author: houping 时间: 2025-9-2 13:50

liuyuje714 发表于 2025-9-2 11:24
2024或者2025系列，尤其是2024.6或者最新2025.3，2024系列只有这个版本支持RTX50系列显卡，记得CUDA一定要 ...

谢谢

作者
Author: houping 时间: 2025-9-2 14:00

abin 发表于 2025-9-2 12:54
让商家送一个价值200元的硬盘, 单独用作系统盘吧.
以免因为系统高挂了, 安装系统的时候, 把自己数据搞没 ...

这样的A硬盘有推荐不，多大合适，除了装系统和gromacs，后绪预计会安装amber/薛定谔对接软件等

作者
Author: abin 时间: 2025-9-2 14:25

houping 发表于 2025-9-2 14:00
这样的A硬盘有推荐不，多大合适，除了装系统和gromacs，后绪预计会安装amber/薛定谔对接软件等

买你能买到的全新的容量最小的价格能接受的.

通用空间, /usr/local, /opt
可以采用ln -s 放在/home下面....

以上操作不明白的话, 找个AI辅助一下.

当然不限于/usr/local /opt目录.

^_^

作者
Author: houping 时间: 2025-9-2 14:57

abin 发表于 2025-9-2 14:25
买你能买到的全新的容量最小的价格能接受的.

通用空间, /usr/local, /opt

好，明白了，非常感谢

作者
Author: houping 时间: 2025-9-24 11:58

sobereva 发表于 2025-9-2 11:27
那叫gromacs

请问下老师，按老师推荐的极高性能分子动力学模拟配置，做一个模拟通常需要多长时间呢，酷冷至尊暴雪T620S对CPU的散热是否能达到要求啊

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 22:03

houping 发表于 2025-9-24 11:58
请问下老师，按老师推荐的极高性能分子动力学模拟配置，做一个模拟通常需要多长时间呢，酷冷至尊暴雪T620 ...

没法这么问
耗时低和耗时高的模拟能相差100倍
我只能说如果这样的机子还跑不动的话，一般研究者可以企及的计算条件下就基本没戏了

作者
Author: houping 时间: 2025-9-25 12:00

sobereva 发表于 2025-9-24 22:03
没法这么问
耗时低和耗时高的模拟能相差100倍
我只能说如果这样的机子还跑不动的话，一般研究者可以企 ...

嗯嗯，不同原子数体系确实差别很大，做这个模拟使用CPU默频就可以了吗，超频的话网上难以找到可以长时间压得住温度的散热器

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-26 00:37

houping 发表于 2025-9-25 12:00
嗯嗯，不同原子数体系确实差别很大，做这个模拟使用CPU默频就可以了吗，超频的话网上难以找到可以长时间 ...

用默认的频率调节机制，有负载时频率自动会提上去，对于计算的目的这就足够了，不要用过于激进的超频方式

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