计算化学公社

标题: 求助Parrinello-Rahman压浴和deform剪切模拟问题 [打印本页]

作者
Author: 7243007036 时间: 2025-9-2 21:00
标题: 求助Parrinello-Rahman压浴和deform剪切模拟问题

跑了一个蛋白质配体复合物体系，使用Parrinello-Rahman压浴和deform模拟剪切流，

在跑一段时间后会出现Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged.的提示，没有管，继续跑。
然后提示Step correcting invalid box:
old box (3×3)
old box[ 0]={2.47868e+01, 0.00000e+00, 0.000000e+00}
old box[ 0]={2.47868e+01, 0.00000e+00, 0.000000e+00}
old box[ 0]={2.47868e+01, 0.00000e+00, 0.000000e+00}
最后显示one or more water can not be settled，最终崩溃
尝试改变了mdp文件中Parrinello-Rahman的tau_p，从1.0，2.0，4.0都改过，还是出现这个情况，请问有什么解决方法吗
PS：正在将步长缩短至0.0005，tau_p改为5.0进行新的尝试。附mpd文件文件！

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-2 21:36
不稳定通常先换回berendsen压浴试试。

作者
Author: 7243007036 时间: 2025-9-2 21:48

student0618 发表于 2025-9-2 21:36
不稳定通常先换回berendsen压浴试试。

谢谢回答，之前已经在相同体系用berendsen跑过不加deform的，是可以稳定跑完的，在RMSD在50ns可以稳定，我理解的是是要跑一下施加deform但是在berendsen压浴下的吗

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-2 22:13

7243007036 发表于 2025-9-2 21:48
谢谢回答，之前已经在相同体系用berendsen跑过不加deform的，是可以稳定跑完的，在RMSD在50ns可以稳定， ...

是。

作者
Author: chunaizhanshi 时间: 2025-9-21 11:11
请问mdp怎么设置的，能发一个文件参考一下吗，我设置的z轴deform得到的应力应变曲线一直有问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)