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标题: 使用ma-SVP寻找三肽降解过渡态报错A syntax error was detected求助 [打印本页]

作者
Author: whitemouse 时间: 2025-9-3 13:51
标题: 使用ma-SVP寻找三肽降解过渡态报错A syntax error was detected求助
各位老师好，我在使用m062x/ma-SVP寻找一个三肽降解反应过渡态时，运行如下gjf后报错提示A syntax error was detected in the input line.  -H    0  '，看上去是读取ma-SVP时出现问题，之前我用该基组算过其它反应是没有问题的，因此找不出输入文件的问题，想请各位老师指导一下！
%chk=GRH_ts.chk
%nprocshared=32
%mem=32GB
# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq  scrf=smd em=gd3  m062x/gen

Title Card Required

0 1
N(PDBName=N1,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.39000000 15.99000000 12.07000000
H(PDBName=H2,ResName=MOL,ResNum=1_X)                13.90000000 15.39000000 11.40000000
C(PDBName=C3,ResName=MOL,ResNum=1_X)                15.74000000 16.01000000 11.63000000
H(PDBName=H4,ResName=MOL,ResNum=1_X)                15.91000000 16.59000000 10.71000000
H(PDBName=H5,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.19000000 15.04000000 11.39000000
C(PDBName=C6,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.65000000 16.56000000 12.71000000
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.34000000 17.57000000 12.47000000
N(PDBName=N8,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.52000000 16.13000000 13.98000000
H(PDBName=H9,ResName=MOL,ResNum=1_X)                15.90000000 15.33000000 13.99000000
C(PDBName=C10,ResName=MOL,ResNum=1_X)             16.52000000 17.11000000 15.19000000
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.05000000 18.02000000 14.91000000
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=1_X)             15.15000000 17.55000000 15.62000000
H(PDBName=H13,ResName=MOL,ResNum=1_X)             14.71000000 18.18000000 14.84000000
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=1_X)             15.19000000 18.28000000 16.44000000
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=1_X)             14.11000000 16.46000000 16.00000000
H(PDBName=H16,ResName=MOL,ResNum=1_X)             14.46000000 15.75000000 16.75000000
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=1_X)             14.01000000 15.83000000 15.11000000
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=1_X)             12.61000000 16.93000000 16.19000000
H(PDBName=H19,ResName=MOL,ResNum=1_X)             12.30000000 17.27000000 15.19000000
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=1_X)             12.55000000 17.81000000 16.83000000
N(PDBName=N21,ResName=MOL,ResNum=1_X)             11.78000000 15.77000000 16.61000000
H(PDBName=H22,ResName=MOL,ResNum=1_X)             10.82000000 16.06000000 16.44000000
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=1_X)             11.75000000 15.43000000 17.81000000
N(PDBName=N24,ResName=MOL,ResNum=1_X)             11.63000000 14.23000000 17.74000000
H(PDBName=H25,ResName=MOL,ResNum=1_X)             10.78000000 13.96000000 17.25000000
H(PDBName=H26,ResName=MOL,ResNum=1_X)             12.31000000 13.76000000 17.14000000
N(PDBName=N27,ResName=MOL,ResNum=1_X)             10.59000000 15.64000000 18.35000000
H(PDBName=H28,ResName=MOL,ResNum=1_X)             10.29000000 15.08000000 19.15000000
H(PDBName=H29,ResName=MOL,ResNum=1_X)             10.54000000 16.55000000 18.80000000
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.41000000 16.38000000 16.32000000
O(PDBName=O31,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.32000000 16.54000000 17.60000000
N(PDBName=N32,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.40000000 15.45000000 15.94000000
H(PDBName=H33,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.71000000 15.54000000 14.98000000
C(PDBName=C34,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.08000000 14.07000000 16.38000000
H(PDBName=H35,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.03000000 13.88000000 16.62000000
C(PDBName=C36,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.40000000 13.26000000 15.03000000
H(PDBName=H37,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.61000000 12.22000000 15.30000000
H(PDBName=H38,ResName=MOL,ResNum=1_X)             19.33000000 13.58000000 14.53000000
C(PDBName=C39,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.32000000 13.21000000 13.97000000
N(PDBName=N40,ResName=MOL,ResNum=1_X)             16.01000000 13.31000000 14.12000000
C(PDBName=C41,ResName=MOL,ResNum=1_X)             15.50000000 13.05000000 12.97000000
H(PDBName=H42,ResName=MOL,ResNum=1_X)             14.49000000 13.27000000 12.66000000
N(PDBName=N43,ResName=MOL,ResNum=1_X)             16.49000000 12.64000000 12.06000000
H(PDBName=H44,ResName=MOL,ResNum=1_X)             16.30000000 12.35000000 11.11000000
C(PDBName=C45,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.69000000 12.80000000 12.68000000
H(PDBName=H46,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.63000000 12.71000000 12.15000000
C(PDBName=C47,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.90000000 13.74000000 17.67000000
O(PDBName=O48,ResName=MOL,ResNum=1_X)             20.16000000 13.59000000 17.65000000
C(PDBName=C49,ResName=MOL,ResNum=1_X)             13.73000000 17.25000000 11.99000000
H(PDBName=H50,ResName=MOL,ResNum=1_X)             13.72000000 17.58000000 10.95000000
H(PDBName=H51,ResName=MOL,ResNum=1_X)             12.70000000 17.08000000 12.31000000
H(PDBName=H52,ResName=MOL,ResNum=1_X)             14.32000000 17.97000000 12.59000000
C(PDBName=C53,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.21000000 13.19000000 18.90000000
H(PDBName=H54,ResName=MOL,ResNum=1_X)             17.11000000 13.22000000 18.83000000
H(PDBName=H55,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.58000000 12.17000000 19.06000000
H(PDBName=H56,ResName=MOL,ResNum=1_X)             18.38000000 13.88000000 19.74000000
O                                                 17.99877375 15.65376931 12.65726525
H                                                 18.95877375 15.65376931 12.65726525

@/home/ma-SVP.gbs/N

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-9-3 14:23
检查空行的数目是否正确
检查基组文件的格式（包括换行符的类型）是否正确

作者
Author: whitemouse 时间: 2025-9-3 16:11

wzkchem5 发表于 2025-9-3 14:23
检查空行的数目是否正确
检查基组文件的格式（包括换行符的类型）是否正确

谢谢老师！我发现删除原子名后的括号里面的PDB相关内容后就可以运行了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 07:52
没事甭用M06-2X做opt freq，更是严重不推荐结合SMD，典型的自找难收敛和虚频套餐
好好看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

B3LYP-D3(BJ)或wB97XD结合IEFPCM是好得多的选择

牵扯到不小的体系的振动分析，内存不要给得那么抠，下文说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)